总的来说，审计机关在认定违法所得时应以实体法为主，重要程序法为辅。

　　二、解决违法所得的法律措施

　　（一）违法所得问题的审计法规定：应根据不同情况采取不同的法律措施

　　我国行政处罚法对违法所得采取的是没收的处罚方式（当然，针对产生违法所得的行为，可以同时采取罚款等其他措施，这里因论文选题所限，本文仅针对违法所得本身进行讨论，即只讨论违法所得的限期退还和没收）。在审计执法中，也把没收违法所得作为一种审计处罚种类。有学者建议在违法所得立法中统一规定在没收违法所得的基础上，再处以违法所得额一定倍数的罚款。本文认为，对审计中发现的违法所得统一采取没收方式是机械的、不可取的。毕竟，审计法所规范的审计主要是对政府经济行为的真实、合法、效益进行监督。考虑到审计对象的特殊性（使用财政资金的单位等），如果将违法所得全部没收的话，将不可避免的影响预算执行以及财政运转。所以，应根据违法所得产生的经济方式不同，采取不同的审计对策。新修订的审计法根据审计对象不同性质的经济行为（即区分为财政收支行为和财务收支行为），对违法所得采取了不同的处理处罚方式。对被审计单位（主要指政府机构）的财政收支行为（主要指预算行为等）产生的违法所得采取的是审计处理方式，即责令限期退还，这在审计法第45条有体现：对本级各部门（含直属单位）和下级政府违反预算的行为或者其他违反国家规定的财政收支行为，审计机关、人民政府或者有关主管部门在法定职权范围内，依照法律、行政法规的规定，区别情况采取下列处理措施：（一）责令限期缴纳应当上缴的款项；（二）责令限期退还被侵占的国有资产；（三）责令限期退还违法所得；（四）责令按照国家统一的会计制度的有关规定进行处理；（五）其他处理措施。

　　审计法第46条对被审计单位的财务收支行为产生的违法所得规定了审计处理处罚两种措施，即限期退还和没收违法所得。第46条规定：对被审计单位违反国家规定的财务收支行为，审计机关、人民政府或者有关主管部门在法定职权范围内，依照法律、行政法规的规定，区别情况采取前条规定的处理措施，并可以依法给予处罚。