同明代王守仁十家为一牌的编联方法相比，清代千户为一保的编联方法显然更为繁复。城市人口分布相对集中，编联保甲容易一些，乡村人口则通常分布零散，山高水长，按照千户为一保的固定模式编联起来势必受到各种客观条件的制约。除此之外，地方官吏在用人和经费方面也存在着问题。晚清方大湜总结保甲制度面临的困难，第一是得人，第二是筹费[28](P·705)。清代地方州县管辖人口众多， (以济南陵乡为例，同治九年时城乡户口已达二万四千七百八十五户，十一萬六千二百七十八口[29](P·56))，普通州县衙门区区数十人，很难面面俱到。乾隆年间做过兰州知府的龚景瀚说过这样一段话：“今之州县，大者数万户、且十万余户矣，岂今人之材皆远过古人耶？刑名任之，钱粮任之，驿站任之，捕逃缉盗任之，征粮、征课、过饷、过犯、私盐、私茶、私垦、私铸无一不当周知也，无一不当躬亲也。命案多者，相验或历旬月，而不能返署；词讼多者，审断或连昼夜，而不敢少休。冲途之州县则劳于迎送，困于供支，附郭之州县则疲于奔走，瘁于应酬，忧贫救过之不暇，而欲其为百姓劝农桑、兴教化也难矣。”[30](P·268)州县长官既然无暇专顾编联保甲之事，他们只能仰赖书吏、衙役人等，“奴隶使之，笞辱及之，衣冠之家及乡党稍知自爱者皆不屑为充此役者，非穷困无聊之徒藉此以谋口食，则狡悍无赖之辈假此以遂阴私，岂能分州县之忧，代州县之事者。”[30](P·269)
清代书吏、衙役借钱粮、诉讼等事鱼肉百姓、为害地方的情形屡见不鲜，编联保甲给这些人提供了可乘之机。“纸张笔墨需费不少，书吏既难赔垫，辄借册费为由，派钱肥槖，甚则以点充乡约为利津，以取具保结为奇货，闾阎骚扰，怨谤盈腾。”[9](P·47)清代办理保甲所需纸张牌册费用例由地方官靠捐办筹集，但实际上经过胥吏、保正逐层摊派，最终成了百姓的负担，“查奉行规条，牌册纸张原令官为捐办，不许派累于民，在各州县食禄供职非必藉此侵渔，然吏胥因缘为奸，几成锢习。其始也官欲传办保甲，动必委用胥差，胥差至乡，向索鞋脚饭食，即惟保正是问，而保正因以为利，乐于朋索瓜分，始则取查填造报之资，继则索往返缴领之费，其有不能亲自书写，又复向索雇倩代笔之钱，层见叠出，已不胜扰，迨至写结领牌，造册详报，而在署之门丁书办，又有规礼纸笔，并此后复编抽查，更改缴换，在在均需规费，视以为常，小民因得一纸门牌，未曾安保身家，已先耗费囊橐，情何能堪？”[25](P·191-193)在广东担任知县的刘衡更是把保甲推行不力的原因归结为书役的层层需索：“窃见各属奉行保甲，绝少稽查之实，徒滋科派之烦，是以该处绅士齐民视保甲为畏途，求免入册，其入册者相率减漏户口，推原其故，良由地方官疲于案牍，不能不假手书差，而一切工科饭食夫马之赀，不无费用，大约书役取给于约保，约保搆之甲长，甲长索之牌头，牌头则敛之花户，层层索费，在在需钱，而清册门牌任意填写，以致村多漏户，户有漏丁，徒费民财，竟成废纸，此外省办理不善之由。”[31](P·131)
书役等借机侵渔百姓，固然属于清代衙门陋习，但政府没有拨专款以供办理保甲所需，也未尝不是其中的原因。编联保甲所需牌册纸张、派员清查户口所需饭食路费是必要的费用，有的保甲各户之间相隔远至二三十里，各保长甲长日常往来稽查，也需必要的费用，更不用说给这些半官方身份的人发上一点薪水，这些费用本应在官府筹划之列，但“奉行规条”却是“官为捐办”，羊毛还得出在羊身上。道光年间，皇帝的两份上谕都提到保甲费用问题，道光十二年的上谕提到顺天府：“州县设立门牌，上司必须查核，若由州县申四路同知，同知申霸昌道通永道，道申顺天府尹，每处造册一分，笔墨既繁，经费亦大，势必书吏开需索之门。莫若令州县造册一分，逐层申解，钤盖印信，其册发还，仍存州县署内，若有查核之时，不难立即弔取，只此一分，费用无多，即由该州县捐廉编造。”[32](P·140)道光十六年上谕则说，“至一切纸张册籍，俱令地方官自行捐给，不准丝毫扰累。其领牌缴册、及丁役规礼，概行革除，违者从重究办。甲长牌头以及里正保正，并著地方官慎重点派，随时稽查。如有讹索包庇等弊，立即严惩更替。其小心供役者，酌加奖励。”[20](P·288)虽然道光皇帝明知保甲费用不足所带来的问题，却并未改变由地方官自行捐办的办法。到咸丰元年，安徽巡抚蒋文庆奏报保甲情形，曾提出“预筹经费、以期经久”[33](P·446)，但以后并未有切实办法。
