司法机关从属于行政机关的另一个重要原因是，司法机关的经费问题需要同级政府拨付。汉密尔顿说：“就人类天性之一般情况而言，对某人的生活有控制权，等于对其意志有控制权。在任何置司法人员的财源于立法机关的不时施舍之下的制度中，司法权与立法权的分立将永远无从实现。”14汉密尔顿这段论述立法与司法机关的关系，同样适用于行政与司法的关系。当司法机关的经费依附行政机关的拨付时，也就等于行政机关对司法机关有了控制权。

　　在现行的司法运作层面，司法机关仍然依附于行政机关，并接受具体行政机关的指挥。司法权设置的最初目的，在于约束行政公权力，在民众遭受国家公权力侵害时，予以救济。这个救济手段具体体现就是行政诉讼与刑事诉讼。但在行政诉讼中，司法无权对国务院的裁决进行审查，司法也不能对“抽象”的行政行为进行审查，而所谓“抽象”行政行为基本上体现为行政立法，它远比某一单一的具体行政行为对民众的实际生活影响要巨大，但被排除在司法审查范围之外；反之，行政审判要适用未经司法审查的行政法规、参照适用行政规章。行政审判依附于行政机关的立法不言而明。在刑事诉讼中，实行公、检、法三机关分工负责、相互独立、相互配合、相互制约。这大概是目前规定最为明确的分权与制衡了——中国式的三权分立与制约。在这个三权分立的框架内，司法的独立性，体现在它仅仅独立于行政的一个具体部门——公安机关。然而，仅仅是这种独立也是形式上，而非实质的独立。在刑事诉讼中，我国采用的并不是以审判权为中心，而是以侦查权为中心。侦查机关具有自行拘留与实施逮捕的权力，起诉机关具有批准逮捕的权力，而审判机关虽然在法律上被赋予也有决定逮捕的权力，但在刑事诉讼实践中，因为程序上侦查、起诉在先，审判机关几乎无需行使决定逮捕权。司法机关对行政机关在运用刑事强制措施上，无法审查。近几年来，公安局长兼任同级党委常委，或者政府副职，有的局长还兼任政法委书记，统领政法各部门，实质上加强了以侦查作为刑事诉讼中心的做法。在公安机关布置的刑事专项“治理”或“斗争”中，法官往往只是一个“提前介入”者，或者“积极配合”者，而不是独立的裁判者。

　　通过以上分析，我们知道，在宪法立法层面，我国实行的是在党的领导之下，人民代表的制度基础上，司法与行政各自独立；在国家权力的实际运行中，司法依附于行政，处于从属地位；在现行的司法体制之下，作为司法机关的法院，还要接受行政（侦查）机关的指挥，与起诉机关的监督，审判权与侦查权、检察权相比，处于弱势地位。这就是当前司法机关所处的实际地位。

　　司法机关在法律规定层面依附于立法机关，在国家权力实际运行中依附于行政机关，必然导致司法裁判受到普遍的质疑。这种质疑表面上是对司法公正的质疑，实质上是对司法机关权力的质疑。一个没有独立的司法机关，从本质上说，是无法独立做出裁判，更无法做出终局裁决。司法机关的裁决，必须要得到它所依附的强势机关的认可，才是最终有效的。在这样一种司法体制之下，就必然有再审程序，用以推翻不被强势机关认可的判决。就必然导致“终审”裁决之后，会引发大量信访，这些信访也就必然涌向有权通过明示或者暗示司法机关改变原判的强势机关。通过信访、再审、改判，必然向全社会暗示信访是改变裁判既定力的有效途径之一，在这种暗示之下，信访量必然是易增难减。

　　从最近3年最高法院的报告看，每年再审改判的案件占生效判决3‰，约为15500件左右。首先，从案件类型上看，再审意义不大。在每年判决生效的一审案件510万案件中，民事占了85%以上15，按照这个比例，再审改判的案件中，民事案件为13000件以上。而民事诉讼的最重要特点，是采用相对优势证据。判定51%优势证据方胜诉是对，判定49%劣势证据胜诉是错。但这种再审“纠错”究竟有多少意义？何况证据本身的认定就具有阶段性、主观性、多样性。在民事审判实践中，当一个案件证据相当时，经常是纠来纠去。二审改掉一审的，再审又改掉二审的，如果抗诉或提审了又可能再改掉原来再审的。当一个民商事案件因证据相当引起再审时，往往关注哪方当事人的领导级别高，就会最终取得胜诉。笔者曾经接触过一位当事人，同一个案件竟有9份裁判文书：3份一审判决书，2份二审发回重审裁定书，1份二审终审判决书，2份再审判决书，1份提审判决书。当事人还不服气，还要到最高法院继续申诉，原因就是这几份判决裁定书中，有6份是判决裁定书认定他胜诉的。其次，再审是导致信访人大量上访的制度原因。就人类的天性而言，趋利避害是最基本的选择。如果没有再审制度，终审判决之后，一切争议至此为止，每年来访266万次、来信67.9万件也就无从谈起，可以使数十万人从诉累中解放出来，创造更多的社会财富。第三，浪费大量的司法资源。为了每年15500件的再审改判案件，全国四级法院都设立了审判监督庭，以及立案庭的复查法官，配备数以万计的法官，全国四级检察院相应设立了民事行政科、处、厅，配备了数以万计的检察官。平均起来，几名法官与检察官才能办理一个“有效”的再审案件。第四，直接严重损害司法权威。为了纠正3‰的“错案”，使99.7%的已经生效判决的案件，法律效力处于不确定的状态。败诉一方当事人，特别是那些也自认为有理的败诉一方当事人，总是希望通过申请再审、申请抗诉、上访、媒体炒作、领导批示来改变不利于自己的判决。将法律生效的判决，置于实际上还是可撤销的地步，不仅是对司法终局性特点的否定，而且这种反复无常的司法行为，是司法权威没落的直接原因。

　　司法独立性的缺陷，必须导致司法裁决不仅不被认同，也不被服从，从而直接损害司法权威。

　　2、司法中立性的缺陷。司法没有独立性，就必然缺乏中立性与统一性。司法中立性，要求诉讼的基本框架是，以裁判者为中心、由原告（或控方）被告（或辩方），组成等腰三角形，裁判者与原、被告处于等距离，不偏不倚，处于中立地位。处于中立地位的裁判者做出的裁判，自然容易得到双方当事人的认同与服从。然而，由于司法独立性的缺陷，在刑事诉讼中，司法机关要听命于侦查机关的指挥，接受检察机关的监督，以裁判者为中心，变成为以侦查与起诉联合起来的控方为中心，等腰三角形的形状受到严重扭曲，裁判者在控方（又是指挥者还是监督者）强有力的控制下，必然缩短与控方的距离，加大与辩方的距离，成了没有规则的三角形。中立性遭受严重的破坏。在行政审判中，由于适用与参照适用的行政法规、行政规章，本身就是做出具体行政行为的上级行政机关所作，又未经过司法审查，而且由于司法机关从根本上要依附于行政机关，才得以生存，行政审判中司法机关的中立性，比刑事审判更不可靠。