障碍二，伴随大部门制改革，个别部门的原隶属关系也得到调整，导致传统的条块关系平衡被打破，极难理顺。如工商、地税、质监、药监、国土等部门由省属变为顺德区的政府组成部门，新部门中行政级别、人员待遇相差迥异等问题成为“大部门”的新痛。

　　障碍三，部门再膨胀的潜在因素依然存在。随着对接问题初现，一些原先撤并掉的部门又“借尸还魂”，为部门改革的反复埋下伏笔。比如，并入区委社会工作部的区委统战部又得以恢复，被撤销的地税局的公章也再次投入使用等。虽然牢牢控制编制和机构设置是防止改革出现反弹的关键，但这种“借尸还魂”的现象即便不能加剧机构臃肿的程度，也至少会使相当一部分“撤并”的改革努力付诸东流。此外，执法程序问题、内部机构完善问题、群众对新机构新职能的接受问题都是顺德大部门制改革不得不面对的“排斥反应症”。

　　从“上呼下应”到“上下并举”

　　事实上，顺德大部门制改革得失背后的深层因素，才是值得加倍关注的。

　　首先，部门合并是大部门制改革的必要途径，但却不是终极目标。大部门制改革的精髓，在于梳理、整合部门之间的权限交叉与冲突，并在此基础上以职能优化为起点、以“合并同类项”为手段，最终使大部门制改革达到预期目标。这就提出了两个问题：

　　一是部门整合的主线是微观职能，而非宏观的部门类分。应采用解剖麻雀式的方式解构原部门的所有职能，而后加以整合，从而在合并的基础上建置新的大部门。那种部门合并之后再简单地理顺新部门职能的做法有违规律，并不可取。

　　二是要充分注重新部门内部来自原不同部门的职能的有机整合与动态运行，否则“一个牌子数套人马”的“拼图模式”只会让部门整合流于形式。新成立的劳动和社会保障部、大交通部等及其下级对应部门在这方面的问题尤显突出，更遑论铁路部门的继续游离使得大交通部连“拼图”的标准都尚未达成。值得一提的是，在浙江富阳实行的“大部门”改革：即在不改变原有机构设置的前提下，在数个关联部门之上虚设“专门委员会”，每个专委会均由市里一名主管领导负责，以协调各部门权力的配合运行。这种模式虽然在当前有一定的过渡意义——不但体现了地方对部门整合的需求而且也取得了初步成效，但由于没有涉及机构设置的变动，充其量只能算一种在部门联合与上下层级对应关系之间采取的妥协折衷之策，算不得真正的“大部门制”。