而在中国的西双版纳，柬埔寨豆蔻山脉等次区域广大山区，森林则被间或种植的混合农林间作景观和耕地人为割裂。在这些地区，人们既采用定点耕作方式，又利用通过毁林开荒、刀耕火种的游耕或者轮作方式来耕种庄稼作物。虽然研究成果显示由于农业适应性较差，在绝大多数山地类型的保护区和保护区断裂带种植水稻、木薯和玉米等粮食作物极难实现高产，甚至根本不能满足当地人自身的食物需求，[13]但是，祖祖辈辈居住在这些地区的贫困的人们仍然不断扩大耕地面积，以期增加作物产量。这种生活方式最终带来的只是贫困的加剧和当地生物物种的进一步流失。
　　
　　农业因素为次区域的生物多样性保护带来的另一个不可回避的历史性问题是：由于山地对于粮食作物的农业适应性较差和相对高额的利润回报诱惑，区域内的部分地区仍然在非法种植鸦片罂粟。虽然鸦片罂粟种植总量在整个次区域来看处于下降趋势，但在缅甸、老挝、泰国北部的部分地区和中老交界的部分地区仍有一定数量的种植。鸦片罂粟的种植不仅带来了许多社会问题，同时由于种植行为的违法性，种植地一般多选在偏远的山地和茂密的森林中，而此类山地或森林又多处于栖息地和保护区内，为次区域的生物多样性保护造成了潜在的影响。另一方面，由于交通、人力和财力的限制，部分国家政府对于鸦片罂粟种植的打击和抑制工作难以取得全面的成效，因此这种种植方式对于生物多样性的威胁又将是持续和长期的。
　　
　　广义地来说，在次区域广泛开展的其它与农业经济密切相关的活动还包括畜牧业、渔业以及农林业如橡胶、桉树、棕榈、茶树和果树等经济林对天然林的替代种植。迅速扩张的农业经济直接导致的栖息地的大面积退化和萎缩。而被视为次区域生物多样性主要承载体的天然森林生态系统则正在逐步为农业物种所吞噬和替代。随着季雨林和雨林的大面积减少，在次区域的许多地区，如中国西双版纳，自然生物多样性正在逐步为人为导致的“农林生物多样性”所代替。
　　
　　在1998年开展的针对泰国土地利用变化的研究结果表明，森林的自然退化，天然林区内的伐木业和广泛开展的农业是造成泰国森林面积减少和土地利用变化的三大主要因素。在二十世纪六十年代，泰国百分之五十四以上的国有土地覆盖着天然森林，农业用地仅占国有土地面积的百分之二十，另有百分之二十六的土地被用于城市建设等其它用途。但是，1998年所采集的证据显示泰国国有土地森林覆盖率在三十年间下降了近三十个百分点，仅为百分之二十五点三，同时农业用地则上升到百分之四十一点五，另有百分之三十三点二的国有土地被用于城市建设等其它用途。[14]造成土地覆盖变化的三个主要因素分别为：因人口增加而人为造成的森林退化并人为改变土地用途；农业的发展和大城市扩张带来的其它建设。

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