2．法院是赔偿义务机关时，又是裁判机关不利于刑事赔偿公正。人民法院既是赔偿义务机关，又是赔偿审判机关的现状，违反了“任何人不能为自己案件的法官”的法理原则，不利于保护赔偿申请人的合法权益。当赔偿义务机关是审判机关时，赔偿请求人只能向人民法院或人民法院的赔偿委员会申请作出赔偿。而根据国家赔偿法的规定，赔偿委员会作出的赔偿决定是发生法律效力的决定。因此，当赔偿请求人对赔偿委员会作出的赔偿决定不服时，无权提起上诉或申请复议。这种赔偿决定，其客观性、公正性是以令人信服的、它使以救济被害人为主要目的的国家赔偿法难充分发挥作用。[5]
3．刑事赔偿的资金支付方式不利于赔偿的公平。《国家赔偿法》规定：“国家赔偿费用由赔偿义务机关先从本单位预算经费和留归本单位使用的资金中支付，支付后再向同级财政机关申请核拨”。但是，一些单位领导考虑到赔偿可能影响到政绩，而有些则是财政部门根本拿不出钱来赔偿，因此就出现谁做错了谁赔，这样国家赔偿就成了部门赔偿、行业赔偿。而国务院关于赔偿费用管理办法规定，赔偿费用可由赔偿义务机关先行垫付。赔偿义务机关垫付后到财政部门申请不到资金，这样赔偿义务机关也不愿赔偿。[6]因此导致许多地方法院有关国家赔偿的决定很难执行。
（四）追偿程序设置过于粗疏
《国家赔偿法》第24条对追偿作出了规定：“赔偿义务机关赔偿损失后，应当向有下列情形之一的工作人员追偿部分或者全部赔偿费用。（一）有本法第15条第（四）、（五）项规定情形的；（二）在处理案件中有贪污受贿，徇私舞弊，枉法裁判行为的。对有前款（一）、（二）项规定情形的责任人员，有关机关应当依法给予行政处分；构成犯罪的，应当依法追究刑事责任。”《人民检察院刑事赔偿工作规定》第40条也对追偿问题作出了规定：“检察机关工作人员具有国家赔偿法第二十四条规定情形之一的，应予追偿。具体办法可以参照人民检察院错案责任追究的有关规定办理。”
