既然原告对委任状的权利已经存在，并且在本案中国务卿拒绝递送委任状的行为侵犯了他的权利，那么美国的法律制度是否应当给予他救济呢？原告律师意见将国务卿身份区分为两种：一种是作为总统代理人，一种是公共管理官员（public ministerial officer）, [19]在第一种身份下，国务卿对总统负责，不受法院执行令管辖；但在第二种身份下，国务卿有法定义务采取法律规定的特定行动。马歇尔吸收了原告律师意见并进一步阐释。他承认，总统在一些政治问题上有裁量权，只在其政治身份意义上对国家和自己的良心负责。[20]所以，当行政官员是以总统的政治或亲密（confidential）代理人的身份行动时，他们只在政治上负责而不受司法机关的干涉。但是，如果一部法律已经确立了相关行政官员的义务，且个人权利的实现取决于该义务的履行时，当该个人权利受损害时，美国法律制度就应当给予其救济。而且，本案中的治安法官同其它官员不同，一旦获得任命后，当事人就享有五年任期，总统不能任意撤换。所以，即使是任命他的总统，也不能再以撤换当事人的方式来侵犯其权利。因此在本案中，原先无疑应当获得来自美国法律制度的救济，即法院的救济。以上的讨论实际上为司法机关审查行政机关的行为划定了一个重要的界限。因此，这份判决书不仅是宪法审查理论的奠基之作，在行政诉讼理论上也有着重要意义。
接下来的问题是原告能否获得他主张的救济，即要求最高法院对国务卿颁发执行令。这里面又涉及到两个问题：[21]1、原告申请的令状的性质; 2、最高法院的权力。
在回答第一个问题时，马歇尔引用了布莱克斯通的评注以及英国法官曼斯菲尔德（Mansfield）的判决，指出当个人权利只有通过官员的行为才能获得实现或救济，且没有别的救济途径时，执行令无疑是恰当的救济。不过马歇尔也承认，执行令并不能在一切场合都适用，法院权力限于涉及个人权利的范围内。对于政治性或按照宪法和法律规定只服从于行政机关的问题，法院不得置喙。[22]但是在这个案件中显然并不涉及此类问题，所以执行令是恰当的救济方式。接下来的问题就是，执行令是否应当由最高法院来颁发。
1789年的《司法法》规定，最高法院可以对任何法院和担任公职的人员颁发执行令。马歇尔认为，如果最高法院不能颁发执行令的话，只能是因为该法案是违宪从而无效的。
宪法在规定最高法院的权限时，区分为初审管辖权和上诉管辖权。宪法明确列举了最高法院的初审管辖权，对上诉管辖权则采取了概括性规定。[23]其中执行令不处于明确列明的初审管辖权的范围之内。因此，前面《司法法》的这种规定显然同宪法规定相抵触。因此在这里涉及到的问题是，当一项法案同宪法相抵触时，前者是否还能成为这个国家的法律。[24]接下来，他说了本节开头的那段名言：“说明什么是法律，是司法部分责无旁贷的活动领域和义务…如果一项法律同宪法相抵触；如果该法律和宪法在一个特定的案件中同时适用，因此法院必须要么根据该法律决定案件，而无视宪法；或者根据宪法，而无视该法律；法院必须决定在这些相互冲突的规则中那一个应当在案件中适用。而这就是司法职责的本质所在。”
判决书到此，马歇尔葫芦里卖的药终于清楚了：马伯里对委任状拥有权利，法院也应当对国务卿颁发执行令给予其救济，但执行令不能由最高法院颁发，因为如果最高法院这么做了，就同宪法的规定相抵触。即使国会立法规定最高法院可以这么做也没有用，因为当法律同宪法相抵触时，法院只能适用宪法而不能适用法律。马歇尔将自己最想做的事放在了最后，而且作为其它看似主要结论的支持理由，这是马歇尔的另一个迂回战术，类似于柯克在附带意见中塞进自己真实想法的作法。在最终得出这个结论以前，马歇尔为引出法院的司法审查权做出了足够的铺垫，通过对三个联系紧密、层层递进的法律问题的分析解决，他不断规定、排除不属于法院管辖权范围内的情况，这样也使对司法审查制度的反对者少了一些歪曲攻击的机会。而且，这份判决是通过否定两种权力的方式来建立一种积极权力，即否定最高法院针对政府官员颁发执行令的权力，否定最高法院可以适用违宪法律的权力，但却暗中引入一种非常模糊而充满弹性的法院积极解释宪法和法律的权力。这份判决书基本上涵盖了在联邦层面上司法审查会涉及到的各种重大问题，如法院只能解决成熟的法律问题、行政官员尤其是总统的政治身份和随之而来的政治特权、国会的立法权限等等，可与着重解决联邦与州关系的麦卡洛克诉马里兰州案（美国银行案，McCulloch v. Maryland[25]）并称确定司法审查范围的两个基本案例，只不过马伯里案在先，更具有奠基性质。与博纳姆案一样，马伯里案判决在法律上相当精致；但与博纳姆案不同，马伯里案中政治上却狡黠得多。
（三）历史背景
1803年前后的美国，正处于资本主义快速发展时期。政治上，同大资产阶级有着紧密联系的联邦党人正与代表农场主等小生产者利益的民主党人加紧争夺国家权力。[26]前者的领袖人物如汉密尔顿本人就是大银行家，他们主张扩大联邦政府的权力，限制州权，以免地方保护主义妨碍北美统一市场的形成；后者的代表人物杰斐逊则是一个大农场主，他们对联邦权力始终保持警惕，但由于这些农场主本身也在资产阶级化，所以并不绝对反对给予联邦政府必要权力以实现促进统一市场的形成等目标，只是出于对美国革命以前英国中央政府专制的回忆而厌恶一个强有力的中央政府，而且这其中也有州政府出于自身权力的考虑。
在柯克时代，不同的权力机关代表不同的社会政治力量。议会更多的代表资产阶级和资产阶级化的了新贵族，国王和国王控制的以枢密院为首的行政机关代表封建阶级，而法院同两方面都有联系。而在马歇尔时代的美国，并没存在这种因为深受历史传统影响而存在的政治机关间的对立，国家机关间的权力对抗并不像英国那么严重。通过民主选举，前面所说的大资产阶级和小生产者集团这两股势力在三个国家机关中都可以轮流坐庄，没有谁可以保证一直控制一个权力机关，更减少了权力机关间的绝对对立的倾向，所以消减任何一个机关权力的作法都有可能在以后的政治较量中损害自己的权力，更明智的做法是通过选举和法官组成人员的缓慢更替来实现对该机关的控制。而且，在联邦制度下，消减联邦权力机关的作法只会让州权扩张，这更加强了在联邦权力层面上博弈的不同政治集团采取出格举动的顾虑，对它们来说，在某种既定规则框架内行事更能实现双赢的后果。
