5.自治权与行政权冲突
国家行政权与村民的自治权是两种不同来源的权力。在目前的乡村社会，前者是以乡镇政府为代表的国家基层政权组织，其权力来源于国家。也就是说，乡镇政府代表国家所行使的权力是社会公共权力的组成部分，是政权意志的体现。后者是以村民委员会为代表的自治组织，其权力来源于广大村民的选举和授权，是一种社区自治权。虽然实行村民自治制度以来，国家行政权力逐步退出了乡村社会，但是国家不可能放弃也不应该放弃对乡村社会的管制。这样就出现了“乡政管理权与村民自治权二元并存”的局面。从国家立法上来看，村民自治否定了公社体制时国家政权与农村组织、特别是乡政府与村委会之间的行政隶属关系，将过去那种领导与被领导的关系转变成国家政权对基层自治组织的指导关系。《村民委员会组织法》第四条明确规定，乡、民族乡、镇的人民政府对村民委员会的工作给予指导、支持和帮助，但是不得干涉依法属于村民自治范围内的事项。这种相互关系的变化主要表现在：村委会主任、副主任和委员均由村民直接选举产生，农村权力的基础已由上级授权变成了村民授权。这种改变必然影响到国家行政权力对村委会的管辖权限及行为习惯，也必然影响到乡镇政权的权威。
在实践中，很多乡镇政权为了维护自己的施政能力，一方面，通过强化对村级党组织的领导，并通过村级党组织来控制村民自治组织；另一方面，则是实行“村财乡管”、下派干部、村干部工资制、村干部提拔为乡干部等措施来肢解村民自治组织的职权，导致乡村关系紧张，村民自治取得的成果被逐渐弱化和流失。
第一，全面推行“村财乡管”，其中的一个重要理由就是不让村级形成新的债务。可乡镇接管村级组织的钱之后，就一定不产生新的债务吗？好像这么多村级债务是农民自己管钱管出来的。乡镇管农民的钱不是不可以，只是要看如何管，如果管的目的就是为了让农民更听乡镇领导的话，那就不是什么产不产生新债务的问题，而是对农民自治权的侵犯问题。第二，实行村干部工资制，即村级组织主要领导由县乡财政发工资。国家在财力许可的情况下，当然应该承担一些村级组织管理的成本。但现在的问题是，某些地方政府把国家用来资助农村发展的钱，转变成了村级组织干部的工资，而且这种工资由乡镇管理，村干部不听话就可以不给或少给。也就是说，这些钱不仅没有用到它该用的地方，反而成为了乡镇控制村级组织的手段。第三，乡镇往村里下派干部，特别是把新毕业的大学生派到村里当“村官”。下派干部是为了帮助农民，但在现实中，假如那些下派干部需要政绩，就未必仅仅是帮助农民，他们或许会指挥农民和领导农民，从而把村民自治变成官员统治了。[⑥]
