但是，伴随着村民自治实践的推进，各种深层次矛盾显现出来，在一些地区，村民代表会议也面临难以召开的尴尬窘境。综合起来主要有两个方面的问题：一是村民代表的产生由干部指定。在调查中，我们发现一些地方村民代表产生的方式极不规范，不少代表未经严格的选举程序。有的代表甚至直接由村干部指定，致使村民代表不为村民着想，而直接听命于村干部。难怪有人不无讽刺地说道：“什么村民自治，根本就是村委会自治嘛！”二是村民代表开会走形式。这个问题在一些地区、尤其是在比较贫困的村庄非常严重。由于缺乏公共资源，人们对谁当村里的领导并不关心，选举代表的热情也不高。很多时候村民代表会议连基本的代表人数都达不到，即使勉强凑齐人数也是走形式，村民很难表达自己的真实意见，村民代表会议成了举手会，大家都不愿意参加，没有取得应有的作用和效果。
4.村务公开存在盲点
村务公开是指村民委员会把村民普遍关心的、涉及村民切身利益的重大事项，通过一定的形式和程序告知全体村民，并由村民参与管理、实施监督的一种民主举措。村务公开是实现村级事务民主决策、民主管理和民主监督的重要方式，有利于村民自治制度的发展和完善。1994年10月，中共中央下发了《关于加强农村基层组织建设的通知》，要求各地“要着重抓好村务公开制度建设，凡是涉及全村群众利益的事情，特别是财务开支、宅基地审批、当年获准生育的妇女名单以及各种罚款的处理等，都必须定期向村民张榜公布，接受村民监督。”目前，全国绝大多数农村都设立了村务公开栏，建立了村务公开制度。
但是，在实践中村务公开还存在不少问题。第一，公开不及时。《村民委员会组织法》规定，“村民委员会应当及时公布下列事项，其中涉及财务的事项至少每六个月公布一次，接受村民的监督：(一)本法第十九条规定的由村民会议讨论决定的事项及其实施情况；(二)国家计划生育政策的落实方案；(三)救灾救济款物的发放情况；(四)水电费的收缴以及涉及本村村民利益、村民普遍关心的其他事项。”在调查中我们发现，不少村庄的村务公开没有按照规定及时更新，有的地方公开的信息甚至是几年前的。这样的村务公开没有起到应有的作用，群众对这种形式主义的公开也不满意。第二，假公开。有些地方对村务公开看起来很积极，但是公开的信息却存在不少问题，如在财务收支方面把一些表面的数据公开出来，具体的收支项目却不公开。有时候为了应付上级的检查就对数据进行加工处理，导致公开的内容缺乏真实性。第三，难监督。当前，大多数农村的村务公开栏都比较简陋，一般都设立在村委会办公室外面的墙上，有的地方连基本的遮雨设施都没有，公开的信息很容易被雨水冲刷掉。或者，就算是公开的内容有存档，但是一般都是挂在墙上，写在纸上，村民有疑问、有意见也不能及时向村委会反馈和沟通，导致村务公开制度没有发挥应有的民主监督作用。
