第二，权利觉醒。在我看来，目前中国乡村实行的村民自治，其立制的基本精神是以个人为主体的，村民是以“个人”这一身份进入乡村政治领域的。这种从家庭到个人的转变，体现的不只是一种政治单元的转变，更多的是对个人民主权利的承认，这一点对于有着几千年专制传统的中国社会特别重要。民主政治的基础是个人权利的确认和保护。民主是在尊重个人权利基础上的多数决定，或者说是以多数决定来防止共同体的人格化身的为所欲为，从而保护公民个人权利的一种机制。如果说，民主制度作为市场经济条件下的权威认同方式，是以个人行动者作为前提和基础的，那么，以市场化为背景对“个人权利”的平等保护，正是“村民自治”的本质所在。
村民自治也许在目前或者相当长的一个时期内，还不能构造一个民主的乡村社会，但它所主张和努力实现的以个人权利为本位、以国家法制为依据的政治文化理念和制度规范，是尊重“个人权利”的社会规则，并且正在培育乡村社会的社区精神。乡村社会是中国社会的基础，对村民个人权利的确认和保护，也就意味着中国社会的最深厚的基础得到了改造。这是理解近代以来中国乡村社会政治发展和进步的关键。
二、村民自治的五大困境
制度设置与理论设计的初衷已如上所述，但是在实践中，村民自治却面临着五大困境。
1.“两委”矛盾凸显
在当今农村，实际上同时存在着两个进行村务管理的组织，即村党支部和村委会。根据《中国共产党农村基层组织工作条例》规定，村党支部是农村各种组织的领导核心，讨论决定本村经济建设和社会发展中的重要问题。问题是，村委会作为村民自治组织，也是以国家法律的授权为依据、以全体村民的民主选举为基础的，在法律上并不具有服从村党组织的义务。两者的权力来源和职权的不同必然影响到农村政治的统一性。目前，党支部和村委会之间的关系和矛盾越来越成为村民自治进程中一个不容忽视的焦点。在处理“两委”关系上，个别问题严重的村，由于“两委”班子不和，往往导致村级事务中管理的混乱，严重影响乡村各项工作的顺利开展，成了“老大难”村。
2.选举“乱象”
村民自治制度实行以来，在相当长的时间里都是在“民主”的价值光环下得以推行的。这种民主的形式在村委会选举中体现得最为明显，但是，在实践中各地都不同程度地存在着贿选、暴力威胁等选举“乱象”。因“选举”引发的上访问题在一些地方表现得很突出。这些选举“乱象”的存在严重败坏了选举风气，损害了村庄选举的公平公正，影响了村民对选举结果的信任，阻碍了村民自治制度的完善和发展。
