其次，在一些地方政府的眼中，限制排污就等于限制生产，出于对本地经济利益的考虑，往往默许企业偷偷增加排污量。例如：曾经轰动全国的浙江东阳污染事件发生前的四年时间里，当地农民不断向有关部门反映污染问题，但经济利益的驱动导致一些地方政府官员对群众呼声却选择了沉默6。更有甚者，一些地方企业在地方保护主义的作用下采取一明一暗的排污手段，致使排污情况越来越严重，国家却难以有效监督。此外，在一些跨市、跨省的排污权交易中，计划卖出方的地方政府官员强行介入交易过程，禁止把排污权指标转让给其他地区，要求只能在本地区内进行排污指标交易。严重的地方保护主义使得排污权交易受到限制，排污权交易市场不能有效运作。
再次，现今的污染严重问题已经开始从城市向农村、经济发达地区向落后地区转移。随着群众环保意识的不断提高，一些饱尝污染之苦的经济发达地区开始整治污染问题，对高耗能高耗水及高污染企业在电价、环保等方面进行限制。而与此同时，一些经济欠发达地区基于强烈的发展愿望仍以追求短期利益为目的，制定种种优惠政策，吸引上述“三高”企业来当地投资。例如7：浙江嘉兴秀州区寄希望通过排污权有偿使用和交易控制污染总量，从而逐步改善区内水资源环境。然而事与愿违，秀州区乃至整个嘉兴市的水质近年来还在不断下降。秀州区环保分局局长张建明说：“秀州区可以控制本地的污水排放，但是，流动的河水没有行政界限，如果上游地区继续排放污水，秀州区实行总量控制和排污权有偿使用和交易的效果等于零。”又如：浙江永康在大规模整治冶炼小企业时，江苏徐州一小镇却在永康本地大做广告欢迎小冶炼企业进行异地投资。上述现象都将意味着今日发达地区的污染严重问题就是不发达地区的“明天”，这种经济发展上的“近视病”，势必使那些不发达地区的经济发展又要付出同样沉重的环境代价。
笔者认为这些边界冲突现象都是因为排污权交易没有形成统一的规范的市场、地方保护主义严重、没有从总体上进行监管而是各地区各自为阵造成的。具体地说“边界问题”的出现及其恶化，是由于我国长期在立法上对环境区域的界定模糊造成的。虽然近几年我国对于建立跨区域环境管理也有一些相关立法，但并没有建立准确详细、权责明晰的区域环境管理法律制度。举例来说：以我国跨行政区域水环境管理的立法现状为例，在《
中华人民共和国水法》中直接规定跨行政区域水环境管理的内容有19条之多，也特别授予了流域管理机构具有监督和执法的权力。在《
中华人民共和国水污染防治法》中第
10、
18、
26条都有相关规定。还有一些关于水环境区域管理的规定散见于一些国家及地方的法律法规、规章、行政法规或规范性文件中。如：《
宪法》（第
9条）、《
水土保持法》（第
31条）、《
中华人民共和国河道管理条例》、《
水污染物排放许可证管理暂行办法》（第
21条）等8。但是纵览这些法规条例的规定，都没有赋予水环境区域管理机构解决跨区域环境纠纷应有的独立的权力，只规定了一些监督、监测权力，对产生的环境边界纠纷也只能和当地各个政府协商解决。更遗憾的是除去没有对水污染跨区域环境管理进行综合性和具体的规定，国家对于其他污染物跨区域污染的相关解决机制则更是没有相对应的针对性的立法，也没有建立一个权责明确的环境区域管理机关进行监管，以至于无法从一个环境区域的整体角度来统一监管该辖区的各种污染物排放量，统一分配排污权和统一管理排污权交易市场。
