其次，限制了被告人的申诉权。《解释》第308条、第309条规定了对于再审案件的审理，适用全面审查原则，原来是一审的，适用一审程序，作出的判决可以上诉和抗诉。按照上述规定，合并审理也限制了被告人的申诉权：一方面，大多被告人在服刑期间已经放弃了申诉，不愿意再次经受审判。但是，在合并审理的案件中，根据《解释》的规定，只要一个被告人通过申诉启动了再审程序，其他被告人都不得不经受两次甚至是多次审判。即使再审判决没有改变原审结果，但是必然会对减刑和假释造成影响；另一方面，虽然从法理以及立法的条文规定上来看，共同被告人的申请再审与单一被告人的申请再审在是否立案的规定上并无任何差异，但是，实践中，对于人数众多的合并审理，被告人之一是很难通过申诉启动再审程序的。因为一旦启动再审程序就必须对全案被告人和全案事实重新进行审理，法院从审判效率的角度考虑是不愿启动再审程序的，特别是在有些被告人已经被执行死刑的案件中则更是如此。
四、设置我国分案审理程序的立法构想
综上所述，在我国的刑事司法实践中，鉴于立法上缺乏规范分案与合并审理的条款，实践中大量的不当合并审理造成了诸多弊端，在目前各地法院所审理的“涉黑”案件中其表现尤为明显。有鉴于此，笔者认为，应该借鉴当今其它国家和地区先进的立法经验，并结合我国司法实践中的实际情况，在立法上规定严密的规范分案与合并审理的条款。
第一，立法上应该明确限定刑事案件具备“关联性”的情形，将可以合并审理的案件通过立法的形式予以规定下来。不过，笔者在上文中已经指出，“关联性”一词本身是一个描述性概念而非分析性概念，立法上很难对其含义及其范围进行明确界定。也正是基于这一原因，对于刑事案件“关联性”的判断标准，两大法系以及我国台湾地区与澳门特别行政区的立法与判例均是通过列举而非概念界定的方式进行限定。因此，笔者认为，在修改《刑事诉讼法》时限定刑事案件是否具备“关联性”条件时，也应该采取列举的方式。具体而言，立法上应该明确规定：下列案件具有“关联性”，法院可以合并审理：(1)一人犯有数罪；(2)数人共犯一罪或者数罪；(3)数人同时在同一处所各自分别犯罪或者数人的犯罪事实存在对行性（如重婚、受贿和行贿以及因互殴而导致的双方伤害）；(4)犯有与本罪有关的包庇、窝藏、伪证、销赃罪，等等。具备“关联性”的案件是合并审理的必要条件，否则，法院一律不得合并审理。
目前在我国的刑事司法实践中，存在着大量不当的合并审理现象：如基于打击专项犯罪的需要，将犯罪事实之间并无任何关联的同类被告人进行合并审理；仅仅基于诉讼效率的考虑，将同一单位但犯罪事实之间并无关联的被告人合并进行审理，等等。笔者认为，立法上一旦以列举的方式规定了合并审理必须具备的“关联性”条件，那么，司法实践中所出现的上述大量不当合并审理现象就会杜绝。另外，在笔者看来，如果合并审理案件事实和犯罪主体不具备关联性的案件，事实上也无从节约审判资源。因为所有的证据都必须一一进行庭审质证和辩论，每一证据与案件事实之间都是一一对应的，查清任一案情和任一证据对其它案情和证据的认定并无任何帮助作用。因此，可以说，将没有关联性的案件进行合并审理时，每一个庭审过程仍然是封闭和互不相连的，对于节省审判资源无任何裨益。
第二，一人犯数罪的案件，原则上应该合并审理。但是，如果合并审理会影响被告人辩护策略或者可能会对被告人形成重大偏见，法院应该裁量进行分案审理。
从上文中对当今绝大多数国家和地区审理一人犯数罪的立法状况的介绍中可以看出，英美法系国家和地区倾向于分案审理，大陆法系国家和地区通常情况下是合并进行审理。考虑到我国的立法传统，在立法上明确规定一人犯数罪的案件必须进行分案审理既不符合我国的现实国情也难以为立法者和社会民众理解，实践中又会浪费有限的审判资源。因此，笔者认为，对于一人犯数罪的案件，立法上应该明确规定原则上应该合并进行审理。
需要特别指出的是，如果合并审理一人犯数罪的案件时会影响被告人的辩护策略或者可能会对被告人形成重大偏见，或者有可能对被告人的主要罪行的审判造成迟延的，重大迟延的，法院应该裁量进行分案审理。例如，当面临数项指控的被告人承认其中一轻微罪行而否认其他严重罪行，合并审理可能给合议庭造成被告人避重就轻和认罪态度恶劣的印象时，法院应该裁量进行分案审理；近年来，媒体陆续报道了一些师德败坏的中小学教师对多名学生进行猥亵的案件，对于上述案件的合并审理应该持慎重态度，因为年幼的被害人及其家长很容易在彼此之间的交流中受到感染，从而在庭审过程中误导合议庭，对被告人错误定罪或者加重其刑罚。
第三，修改《刑事诉讼法》时应该明确规定牵连管辖制度，从而使法院的合并审理具有管辖权上的依据。当今世界绝大多数国家和地区的立法中，如法国、德国、日本以及我国的台湾地区等，对于“关联性”刑事案件的合并审理，往往都是通过扩张审案法院的管辖权而体现出来，即牵连管辖。但是，《刑事诉讼法》中没有规定牵连管辖，只是在最高人民法院和最高人民检察院各自颁布的解释中对此稍有涉及。显然，一旦法院合并审理数起“关联性”的刑事案件，不可避免地会涉及审案法院的管辖权问题。如数人在不同区域实施的数起共同犯罪、一人实施的数起轻罪和重罪，等等。笔者对于建构我国刑事案件牵连管辖制度的初步设想是：首先，具有“关联性”但分属于不同级别法院管辖的数起刑事案件，上级法院可以合并审理。因为《刑事诉讼法》第23条明确规定了级别管辖只能适用“就高不就低”原则，同时，与下级法院相比，上级法院的审判组织和审判力量居于优势地位，更有利于查明案情和保护被告人诉讼权利；其次，具有“关联性”但分属于同一级别不同地域法院管辖的数起刑事案件，可以由其中之一的法院合并审理。
当然，合并审理的数起刑事案件还必须具备以下三项条件：首先，合并审理数起刑事案件时，既要有利于提高诉讼效率，又不会对被告人的诉讼权利造成侵害，这是适用合并审理的首要前提；其次，数起刑事案件属于同一性质法院管辖。如果有些案件属于普通法院管辖，有的则属于专门法院管辖，此时就不能进行合并审理；再次，数次刑事案件在诉讼程序和诉讼阶段上有合并审理的可能。如果有些案件属于简易程序审理的范围，而有些案件则必须通过普通程序进行审理，此时就不能进行合并审理。
第四，对于数人共犯一罪或者数罪的，如果合并审理会导致利害关系截然相反的共同被告人之间互相指控，并因此难以查明案件事实的，法院可以裁量进行分案审理。为了防止因合并审理利害关系截然相反的共同被告人之间相互指控而公诉人静坐一旁的庭审格局，对于上述情形，当今世界其它国家和地区的立法中都明确规定了法院应该裁量进行分案审理。鉴于《刑事诉讼法》以及有关的司法解释中对于分案审理没有作出任何规定，在我国刑事审判实践中也出现了大量的被告人相互泼脏水而公诉人不履行举证责任的情形。如2006年9月20日，昆明中级人民法院在审理一个案件时，该案中公诉人对于赃款的去向、贪污的时间、地点、每个被告人贪污具体的金额等案件基本事实都没有调查清楚，虽然共同被告人及其各自的辩护律师均主张公诉人应该先理清赃款的用途和去向，但是公诉人却认为，赃款的去向并不影响此案的定罪与量刑。由于公诉人持上述态度，整个庭审的质证和辩论过程都是由两名被告人及其辩护律师进行相互指控和辩护。而公诉人基本上置身整个庭审质证与辩论之外。[96]
有鉴于此，笔者认为，在修改《刑事诉讼法》时，应该借鉴其它国家和地区的先进立法经验，明确规定如果合并审理可能出现利害关系相反的共同被告人相互指控，且不利于查明案情并因此影响被告人的辩护权时，法院必须裁量进行分案审理。
第五，对于人数庞大的团伙类犯罪，如果合并审判可能会导致庭审流于形式、羁押率和超期羁押率上升，并因此变相延长了被告人的刑期以及实际执行的刑罚、限制了被告人的上诉权和申诉权、侵犯律师会见权等辩护权现象时，法院必须进行分案审理。笔者在上文中已经指出，与其他国家和地区的不当合并审理所可能造成的负面影响相比，我国刑事审判实践中的“涉黑”团伙犯罪中的不当合并审理还会造成更大的弊端。鉴于目前审理的大量“涉黑”案件是我国特有的现象，因此，从当今世界绝大多数国家和地区的立法来看，基本上都没有规定防止不当合并审理“涉黑”案件的专门条款。不过，我国澳门特别行政区的刑事诉讼法典第19条第a)和b)款中还是有些值得借鉴之处：“如属下列情况，法院须依职权或应检察院、疑犯、辅助人或民事当事人之申请，终止有关牵连，并命令将其中某一诉讼程序或某些诉讼程序分开处理：a)将诉讼程序分开对任一疑犯有利，而该利益应予重视及考虑，尤其是不致拖长羁押时间；b)有关牵连可严重影响本地区之处罚主张，又或被害人或受害人之利益；”[97]显然，澳门特别行政区刑事诉讼法典中的上述规定中对于可能因为合并审理而影响疑犯的处罚以及拖长羁押时间的规定，值得修改《刑事诉讼法》时予以参考。
事实上，个别地方的人民法院和人民检察院在审理人数众多的“涉黑”案件时，也尝试性地采取了分案审理的方式，并积累了一些行之有效的经验。例如，湖北省荆州市检察院处理的冉敬平特大黑社会团伙犯罪案件即是一例。该案中涉案犯罪嫌疑人共15名，涉及罪名12个，犯罪事实72笔，侦查卷宗29册。通过审查全案，荆州市检察院专案组发现15个被告人中有的与黑社会组织罪无关，有的被告人有重大立功表现，有的系从犯。如果全部起诉到法院，势必冲淡主题，形成诉累，影响审判效果，经向主管领导汇报后，他们果断进行了人员分流，将其中一重大立功者作出了不诉处理，其余五人移交松滋市检察院依法办理。针对其中的12个涉嫌罪名，按照“删乱就简，突出重点”的原则，进行了严格科学的梳理，删去了其中的五个罪名，只针对其中的七个主要罪行提起公诉。这样一来，既使得整个“涉黑”案件的庭审过程重点突出，特征显著，脉络清晰，定罪准确，为法院及时高效审结案件打下了坚实基础，也体现了我党长期以来坚持的“首恶必办、胁从不问”的刑事政策。
