步入90年代后，全国人大常委会有关领导的讲话中，逐渐对个案监督加以肯定。而之所以会有这样的变化，重要原因之一是：从八届全国人大开始，每年全国人大开会时，代表们对“两高”工作报告的赞成票逐年降低，到九届人大一次会议的时候，最高法院工作报告获2/3赞成票，而最高检察院工作报告刚过1/2赞成票。[⑧]1999年，为了加强及规范个案监督，全国人大内务司法委员会向全国人大常委会提交了《关于对审判、检察工作中重大违法案件实施监督的决定》的议案。但“两高”对“个案监督”表达了强烈的不同意见，该议案经1999年8月和10月由人大常委会进行两次审议后，司法监督的草案最终被搁置。这也是全国人大常委会根据《立法法》的规定，第一次将一个法律议案变成废案（《立法法》第39条规定：“列入常务委员会会议审议的法律案，因各方面对制定该法律的必要性、可行性等重大问题存在较大意见分歧搁置审议满两年的，或者因暂不付表决经过两年没有再次列入常务委员会会议议程审议的，由委员长会议向常务委员会报告，该法律案终止审议）。2004年8月，十届全国人大常委会审议的监督法草案第58条第2款曾规定：“人民代表大会专门委员会可以决定将有关案件向有关审判、检察机关初步询问核实。专门委员会认为必要时，可以提请人民代表大会常务委员会委员长会议或者主任会议决定，将有关案件交审判、检察机关处理，并要求报告办理结果；专门委员会研究后对办理结果不满意的，可以向委员长会议或者主任会议报告情况，并提出处理建议。”该草案对个案监督作出了肯定性的规定。但在审议中，对此争议仍然很大。所以，监督法草案三次审议稿中删去了关于个案监督的规定，2006年8月通过的监督法文本中，也再没有出现个案监督的内容。

　　笔者认为，《监督法》没有规定个案监督并不意味着国家权力机关完全否定个案监督，根据《监督法》的规定也难以得出个案监督是违法的结论，立法机关否定的是背离人大监督特点的个案监督方式。国家权力机关对司法权的监督完全可以从个案入手，一概否定人大监督可以涉及具体案件，既不符合人大监督的原理，也不符合监督实际。如果说人大及其常委会只能立足于更高层次的全局性的监督或只能进行抽象的、宏观的、形式上的监督，而不能涉及具体案件，一旦涉及具体案件就是干涉司法权，影响司法独立，这恰恰是对人大监督的误解。宪法保障司法机关独立行使职权，但并不排除国家权力机关（甚至包括一般的社会主体）对其进行必要的“干预”，关键是要看国家权力机关“干预”的程序和内容是否合法。何况我国现行法律还专门规定了人大常委会的一些具体的个案监督权。如对人大代表采取强制措施的许可权、特定情形下的延长羁押期限权等。司法独立应以严密的司法监督制约机制为前提。没有监督制约的司法权，只会让独立成为腐败和徇私枉法的借口。司法机关基本活动方式是办理案件，因此，人大及其常委会只有加强案件监督，才能从根本上加强对司法机关的监督。