（二）指定侦查管辖无据可依。《规则》规定，上级人民检察院可以指定下级人民检察院立案侦查管辖不明或者需要改变管辖的案件。但对“需要改变管辖”的理由、范围，异地侦查程序的启动、决定权的归属及内部审批程序等没有作出任何规定，指定侦查管辖随意性较大。1.指定异地管辖缺乏法定依据。近年高官腐败案件异地侦查引人注目。实践中，越来越多的职务犯罪案件被检察机关采取异地侦查管辖的办案模式。高官腐败异地侦查越来越多，这既是反腐败斗争深入发展的结果和标志，也是反腐败斗争形势发展的需要。司法实践中需要指定侦查管辖的原因是多方面的，诸如回避、关系网干扰等因素，但这类案件上级检察院指定侦查管辖时，往往对指定管辖不说明原因。这既不符合侦查法定原则，而且过多的指定管辖也违反诉讼经济原则。以辽宁“慕马案”为例，在查办该案过程中，江苏省有关部门先后派出了478人次，赴沈阳、大连等地调查取证，共谈话1300余人，调取书证、物证材料5800余件，由此可以看到，有关部门在办理该案过程中所耗费的人力、物力、财力以及办理此案所花费的时间。［2］2.指定异地侦查管辖随意性大。规定指定管辖制度本来是基于司法实践中存在管辖范围和权限不明或有争议，或者是有管辖权的司法机关无法或不宜行使管辖权的情形。但从近年的司法实践看，在对有管辖权的机关“无法或不宜行使管辖权”情形的掌握上，表现出极大的随意性，致使一些本可以正常审理的案件，被不适当地扩大适用指定管辖。3.指定侦查管辖与指定起诉管辖、指定审判管辖不协调。按照目前职务犯罪案件侦查一体化协作指挥机制，上级检察院将案件指定给不具有管辖权的下一级检察院立案查处时，并不需要事先通知同级法院，侦查部门也不需要事先通知公诉部门。案件侦查终结后，如何指定起诉管辖和指定审判管辖？目前尚无明确规定。以原安徽省阜阳市中院院长刘家义受贿案为例。开始，安徽省检察院指定淮南市检察院对刘家义进行起诉（2005年11月23日，淮南市人民检察院以涉嫌受贿罪对其立案侦查），起诉书都送给淮南市中院了，但后来安徽省高级法院又指定让滁州市中院管辖。案子都已经进入审判阶段了，安徽省高院为何又突然改变了原来的指定管辖？该案指定管辖之所以出现问题，根本原因就是缺乏法律上的明确规定。

　　（三）级别管辖不明确。在《规则》规定的分级立案侦查制度中，除对基层人民检察院的侦查管辖范围明确表述为本辖区的犯罪案件外，对其他各级人民检察院的侦查管辖范围在表述上使用的是全国性、全省性、本辖区的重大犯罪案件，但对于什么是全国性、全省性、本辖区的案件？什么是重大案件？却无明确界定，级别管辖缺乏统一的操作标准，全国各地很不统一。