其一,生态安全理念强调整体性和综合性。但现行《
环境保护法》作为基本法未能全面覆盖现代生态环境法体系之自然资源保护、生态保育、生态灾害防治等基本领域，专注于较有经济价值的单项资源保护,污染防治法色彩太浓，没有涉及到社会性的环境侵害归制问题,并且原则性规范和实施性规范掺杂，难以发挥其综合性调整作用。
其二，生态安全具有长期性的特点,许多生态环境问题一旦形成，要想解决它就要在时间和经济上付出很高代价。因而，在
环境保护法中应规定“预防为主”的环境政策，对环境污染进行源头控制,杜绝“先污染后治理”的末端治理方式。而现行《
环境保护法》体现的末端治理污染的方式，治标不治本，成本巨大，最终导致环境效益和经济效益都低下，无法促进环境和其他各方面的和谐发展。
其三，现在的生物技术特别是转基因生物是对生态安全构成威胁的新的主要的因素，例如：转基因植物释放到环境之后，可能因外来物种的入侵而对生态系统造成不可逆转的破坏性影响;转基因微生物在致病性和毒性竞争能力、传播扩散能力、遗传变异能力、遗传转移能力等方面对环境的负面影响;转基因动物的异常性状表达及其释放对环境构成的风险.制定于上世纪80年代末的现行《
环境保护法》完全没有跟上和反映时代的发展要求,在生物技术立法方面完全是空白 . 《
环境保护法》规定的环境影响评价的范围包括一切对环境有影响的基本建设项目、技术改造项目和自然资源开发项目，而没有包括关于转基因生物安全风险的环境影响评价。
三、对修改和完善现行《
环境保护法》的粗浅建议
（一）生态系统稳定性理念对污染治理制度完善的建议：（1）在作为基本法的现行《
环境保护法》中规定总量控制制度，具体包括：确立适当的总量控制模式；完善总量控制制度的程序性规定，提高其操作性；完善总量控制指标有偿转让机制；强化对总量控制不当行为的法律制裁。〔1〕（2）在作为基本法的现行《
环境保护法》中明确规定排污许可证实施的程序，扩大其适用的范围和条件，建立高效的许可证管理系统，加强排污许可证的监督力度和证后管理。
（二）我国生物多样性现状要求作为环境法律体系的基本法的《
中华人民共和国环境保护法》对生物多样性的保护和生物多样性的持续利用予以充分的重视和体现：
