第二，在限期治理制度上，该法第29条第2款规定:“中央或者省、自治区、直辖市人民政府直接管辖的企业事业单位的限期治理，由省、自治区、直辖市人民政府决定。市、县或者市、县以下人民政府管辖的企事业单位的限期治理，由市、县人民政府决定。”该条款关于限期治理决定权的规定欠妥：首先，限期治理由政府决定的做法，不利于该制度的全面实施。政府并不能经常监督、监测污染源，及时针对个别污染严重、群众要求迫切的企业下达限期治理决定，它主要根据群众的反映和环保部门的建议，每年、甚至更长一段时间集中下达一批限期治理单位名单。这样必然妨碍了该制度经常及时地实施。而且在实际操作中，政府往往偏重于企业的经济效益，而非环境效益。因而政府部门往往因担心影响国计民生而迟迟不做出限期治理决定，从而使那些严重污染环境的企业难以得到及时地治理而危害社会。其次，限期治理不分项目大小，都由同级政府决定，影响及时治理污染；再次，政府工作千头万绪，无足够的精力行使决定权，这也是造成限期治理制度流于形式而加剧了环境污染的重要原因。最后，限期治理分级管理的办法，易造成污染治理上的条块分割，也不利于流域性、区域性及行业性污染源治理的统筹管理和安排，更不利于实现政府对其辖区质量负责。〔1〕
第三，在总量控制制度上，首先，在我国目前法律体系中没有专门的有关总量控制的统一法规，只是散见于一些零星的条文。在作为基木法的《
环境保护法》中，尚未作出总量控制的有关规定，使排污总量控制法律保障不足。〔2〕其次，我国虽然提出了总量控制制度，但只是规定了环境纳污能力(量)确定程序，如何分配总量控制指标没有完整的程序规定，对总量控制指标转让程序的规定则更少，这些缺陷大大淡化了总量控制制度的特性；〔3〕再次，纳入总量控制范围进行管理的污染物仅局限于大气污染物和水污染物，纳入总量控制管理的仅是对重点污染源、重点污染单位实行控制，没有普遍性；对违反总量控制制度的单位和个人无相应的法律责任约束，失去了总量控制作为环境管理制度应有的威慑力，因而较难发挥总量控制制度在改善环境质量方面的作用。如此，会使排污量打破生态系统的生态阈限，影响其稳定性。
第四，关于排污许可证制度。到目前为止，现行的《
中华人民共和国环境保护法》没有规定排污许可证制度，只是在水污染防治领域、大气污染防治领域、海洋污染防治领域中提到；当前仅把排放污染物达标排放和满足排污总量控制目标作为领取排污许可证的必要条件，而对排污单位是否履行或达到其他环境管理要求则没有作出硬性规定；由于地域或排污单位排放污染物的不同，对排污单位的管理和要求往往出现不统一或不一致的现象。〔4〕
目前，排污单位的排污行为一般没有按许可证上确定的排污量进行排污，管理部门也未严格按许可证上允许的排污量来约束排污单位的排污行为，在确定某地区各单位排污量时，并没有按该地区环境容量所能承受的污染物量去分配排污量，从而导致该制度在总量控制中的作用未充分体现出来。排污证制度的缺陷，同样也会使得污染物排放超过环境的容量，使生态系统的稳定性受到破坏。
