第三种是指导关系，有的法律明确规定专业技术组织和行政机关不能有任何隶属关系和利益关系。
如《产品质量法》第20条规定：“从事产品质量检验、认证的社会中介机构必须依法设立，不得与行政机关和其他国家机关存在隶属关系或者其他利益关系”。由于我国对中介机构的管理一直采用双重管理的模式，中介机构所从事的业务必须受其业务主管机关的指导。
由于各类技术机构和行政机关的依附或隶属、监管关系，检测、检验、检疫体制基本上处于混乱无序状态。行政机关对于检测、检验、检疫结论缺乏具体的审查、判断标准，当出现几份鉴定结论时，行政机关无所适从，最终不得不按照检测机构的行政级别、检测人的资历等形式要素来取舍。“要理顺行政机关与专业服务组织的关系，对于目前行政机关内设或者下设的各类技术检测、检验、检疫机构，要创造条件将这类机构从有关行政机关中逐步剥离出来，面向社会广泛提供技术服务，成为依法独立从事技术检测、检验、检疫活动，并对其技术结论独立承担法律责任的专业服务组织”。[⑧]
（三）检验、检测、检疫的法律效力
国务院相关部门在有关清理整顿行政执法队伍和实行综合行政执法试点工作中，就明确要求“进一步转变政府部门职能，实现‘两个相对分开’。要改变政府部门既管审批又管监督的体制，将制定政策、审查审批等职能与监督检查、实施处罚等职能相对分开。要改变行政执法机构既管查处又管检验的体制，将监督处罚职能与技术检验职能相对分开。将承担技术检测、检验、检疫职能的单位逐步与政府部门脱钩，不再承担行政执法任务，其职责转变为面向社会，依法独立地为政府部门、行政执法机构和企事业单位提供客观公正的技术检测、检验、检疫服务。”[⑨]
按照《行政许可法》的规定，行政许可的审查可以分为形式和实质两个方面，形式要求是指是否具备申请许可的法定形式，实质要求是指申请人行使权利的资格或条件是否具备。
实质要求是决定能否申请许可的关键，但缺乏形式要求同样会导致申请遭到拒绝。正是由于实质要求和形式要求这种区别的客观存在，与现实生活中行政机关与非政府组织的分工、权限划分是相互一致的。
经过专业技术组织检验、检测、检疫的物品，行政许可机关如何认定？是形式上的审查还是实质上的审查？还是其许可程序的一个步骤？需要进行检验、检测、检疫的物品是许可申请人送交专业技术组织，还是由许可机关转交专业技术组织？这会因实施检验、检测、检疫主体不同而导致的程序设置不同：专业技术组织实施的应当在申请许可之前，而行政机关实施的可能会在审查与决定过程中。
对于法律法规明确规定专业技术组织的职能范围内的活动，许可申请人应先到专业技术组织进行检验、检测、检疫活动，然后按照法定的申请条件进行许可申请，专业技术组织的鉴定结论就成为申请材料的必然组成部分。
《行政许可法》第34条第3款规定；“根据法定条件和程序，需要对申请材料的实质内容进行核实的，行政机关应当指派两名以上工作人员进行核查。”这说明行政许可机关对许可材料的审查原则上主要是一种形式审查，只有当“法定条件和程序需要”时才会进行核查。
