（二）基本制度瑕疵及缺失
1、有瑕疵的基本制度
（1）“三同时”制度
《环保法》第26条对“三同时”制定做了明确规定，这一制定的规定太笼统，而且其实施范围仅限于污染防治，对自然保护方面尚未涉及，不利于整体环境保护，实施范围狭小。另外由于其规定的笼统性又无配套的法规和部门加以细化，使这一制度可操作性不强。
（2）限期制理制度
《环保法》第29条对限期治理制度做了规定，将企业事业单位的限期治理决定权交由政府。2005年前后中国发生的数起重大的环境侵害纠纷争议案件，从“环境风暴”到“沱江水污染事件”“松花江特大水污染事件”，和由于政府行政不作为导致的甘肃血铅超标和湖南岳阳砷超标等事件，都证明了政府失零。所以将限期治理决定权交与政府欠科学，在实际操作中，政府往往在经济利益的驱使下，而忽视环境效益。另外，法律法规没有明确在限期治理期间达到的排放要求，对具体时间的规定也不明确，甚至过长。使许多企业堂而皇之地排放污染物。
（3）排污收费制度
排污收费制定在有些情况下，总量控制与浓度控制存在冲突，《环保法》第28条和37条关于排污收费中超标排污行为的规定与《
中华人民共和国标准化法》及《实施条例》的规定有矛盾。[5]另外对排污是否违法问题，无很好的规定，而且处罚标准偏底，使得一些企业宁习激纳低额排污费，也不敢善排污条件。
（4）环境影响评价制度
《环保法》第13条规定了环境影响评价制度，只对建设项目的评价做了原则性规定，并且只涉及了污染防治领域，对建设规划和生态保护领域没有覆盖，在内容上规定不够全面。另外没有规定跟踪评价，这就使得有的企业在第一次环评通过后，丧失环保投入的积极性，不良影响可想而知。
2．需要增补的制度
排污许可证制度，环境公益诉讼制度和环境信息制度等。
二、
环境保护法的完善
(一）立法目的的完善
党的“十六大”报告提出的全面建设小康社会的目标包括可持续发展能力不断增强，生态环境得到完善，资源利用效率显著提高，促进人与自然的和谐，推动整个社会走上生产发展、生活富裕、生态良好的文明发展道路[6]。不难看出可持续发展和生态安全已成为重要问题，而做为环境保护的最基本依据《
环境保护法》，毋庸置疑的要把可持续发展和生态安全写入立法目的，汪劲教授认为[7]环境立法的目的应当是在不排除保护人类自身权利与利益的前提下,确立“衡平世代间利益实现经济社会的可持续发展“和”保护人类的‘环境权’与生态世界的自然的权利”这两大目标。王曦和除维春[8]建议把《
环境保护法》的立法目的修改为“为了保护和改善生活环境和生态环境，保障人类享有与自然和谐的方式，过健康而富有成果的生活权利，实现环境经济、社会的可持续发展。”
