生态系统方法将传统管理中以行政单元为基础转变为以自然生态系统单元为基础，它所包含的管理单元的范围大小可以通过不同时空尺度来调节。为了有效解决跨行政区的环境问题，本文主张
《环境保护法》第
十五条规定中，采用自然生态系统单元管理（如流域管理）思路，从生态系统的角度来分析问题、解决问题，以便调动生态系统管理区域内所有利益相关者的积极性，加强地区和部门之间的协调与合作,建立信息和数据共享的机制和技术平台，构建一个更有效、更具操作性的跨行政区环境处理机制。
（三）环境保护行政管理体制的完善
《环境保护法》第
七条规定：“国务院环境保护行政主管部门，对全国环境保护工作实施统一监督管理。”该条款过于简单,可操作性差。环境保护牵涉部门多,涉及面广,综合性强。由于各部门之间协调不够,行政权力相互交叉,行政管理“各自为政”和部门利益的存在，使基层环保执法工作经常处于被动局面，难以发挥实质性作用。
针对以上问题，本文认为应借鉴生态系统管理的原则，尽快制定综合性的环境管理体制立法，明确环境管理部门的地位和职能，以及各部门间相互协调和监督的程序等。同时，各部门各地方应将自己的职责和权利具体化。生态系统方法要求将管理权下放到最低的适当一级，生态系统管理应主要由具体实施管理措施的基层单位来完成。越是环境管理基层单位,生态系统管理工作的责任越重大，它们的责、权和利越明确,越能在管理中发挥其主动性和积极性。
（四）生态系统经济管理制度的创设
生态系统方法必须考虑管理管理可能带来的利益，通常需要从经济的角度理解和管理生态系统。除了在实施管理活动的范围内,由管理活动所带来的经济效益来治理由此产生的种种环境问题，还要使特定生态系统的成本和效益内部化,直到实现可行性[9]。同时，生态系统管理还调整奖励措施,促进生物多样性的保护和可持续利用。
为了实现环境外部不经济性的内部化,本文建议
《环境保护法》增加如下基本制度:征收生态补偿制度、环境押金制度和生态保护基金制度。其中，生态补偿制度是指对由于人类的社会经济活动给生态系统和自然资源造成的破坏及对环境造成的污染进行补偿、恢复、综合治理。环境押金制度是通过收取环境押金使随意丢弃某些废旧物品的行为付出丧失押金的代价，从而驱使使用者将废旧物品交回收集系统，以消除可能的污染或把污染降到最低限度，达到保护环境的目的。
