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生态系统方法概念的提出已经有十多年，但目前还没有一个学术界公认的定义和理论框架。根据《生物多样性公约》的定义,生态系统方法是综合管理土地、水和生物资源,公平促进其保护与可持续利用的战略[2]。事实上，任何一门新学科的发展,其学科定义都是难以确立的。但我们可以肯定的是，生态系统方法不是一种具体的生态系统管理方法，而是一种跨学科的综合性方法，它把复杂的生态学、环境学和资源科学以及社会学、政治学等有关知识融合为一体,综合各种方法来解决复杂的社会、经济和生态问题的生态系统管理策略。
由于生态系统方法提供了一个将多个学科的理论和方法应用于具体管理实践的科学和政策框架。因此,生态系统方法的应用有助于均衡地实现《生物多样性公约》的三个目标:有效保护;可持续利用;公平、公正地享有开发基因资源所带来的利益[2]。
（二）生态系统方法的原则与应用
生态系统方法的原则是在生态系统管理原则的基础上发展而来的。1996年在皇家浩鲁威环境研究所(Royal Holloway Institute for Environmental Research)召开的研讨会上提出了生态系统管理的10条原则。1998年在马拉维召开的《生物多样性公约》关于生态系统方法的研讨会上,在原生态系统管理的10条原则的基础上制定了生物多样性管理的生态系统方法的12条原则（又称为马拉维原则）。2000年在肯尼亚召开的CBD第五次缔约方大会上正式采纳了生态系统的原则。
生态系统方法的12项原则包括：(1)土地、水和生物资源的管理目标是一个社会选择问题；(2)应将管理权下放到最低的适当一级；(3)生态系统管理者应考虑其活动对相邻和其它生态系统的(实际和潜在)影响；(4)考虑到管理可能带来的利益,因此,通常需要从经济的角度理解和管理生态系统:①减少对生物多样性有着不利影响的市场扭曲现象; ②调整奖励措施,促进生物多样性的保护和可持续利用;③使特定生态系统的成本和效益内部化,直到实现可行性；(5)保护生态系统的结构和机能,以维持生态系统服务,这是生态系统方法的优先目标；(6)必须在生态系统的功能限度内管理生态系统；(7)应在适当的时空范围内应用生态系统方法；(8)由于生态系统过程具有的不同的时间尺度和滞后效应,生态系统管理的目标应当是长期性的；(9)管理必须认识到变化的必然性；(10)生态系统方法应寻求生物多样性保护和利用的适当平衡与统一；(11)生态系统方法应考虑所有形式的相关信息,包括科学知识、乡土知识、创新做法和传统做法；(12)生态系统方法应让所有相关的社会部门和学科参与[2]。不过，《生物多样性公约》制定的这12条原则,其内容并不仅限于生物多样性保护,可以说涵盖了自然资源管理和生态系统管理的各个方面。
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