与以上传统媒体的管理不同，互联网新闻，根据《国务院对确需保留的行政审批项目设定行政许可的决定》将实施互联网新闻单位设立许可的权力授予新闻办系统，国新办也就当然被赋予了对许可实行监督检查的权力。依据该决定，2005年国新办出台《互联网信息服务管理规定》，互联网新闻信息服务单位的设立许可以及日常监管由国务院与省级政府新闻办系统负责。该办组建于1991年，与中共中央对外宣传办公室是“一个机构，两块牌子”，归入中共中央直属机构序列。其原来的主要职责是对外宣传，包括“推动中国媒体对外说明中国、指导和协调对外新闻报道；制定对外新闻事业的发展规划，并负责组织实施”等。[5]后来，它才根据该部门规章确定为互联网新闻的主管单位。在某种意义，这是对传统新闻管理执法体制的重新建构。原来主要由新闻出版署系统负责新闻管理，而现在则把新出现的互联网新闻管理领域交给了国新办系统负责。使其职能由原来的对外宣传调整到内外并重。其下属国新办五局（也称“国新办网络局”）专门负责“组织协调网上新闻工作，指导新闻网站的规划和建设，承担互联网新闻国际交流与合作有关工作”，九局则“承担网络文化建设和管理的有关指导、协调和督促等工作”[6]；而其他下属机构则主要负责相关的外宣工作。由此可见，这两个下级单位在国新办内地位特殊。其中，九局从字面上看仅仅只有行政指导权，不具有行政管理权。因而，互联网新闻的主要管理职责则落在了五局，即网络局身上。
该办从其组织地位上就体现了它相对于国务院其他职能机关的特殊性。同拥有行政管理权的其他机关相比，它实际上同时归属中共中央序列，并且原来的职责主要是对外宣传。网络时代的到来，才使得该机构获得一次管理职权的扩张，由指导协调对外报道这种“软权力”转向了直接对内的互联网新闻管理，并拥有实施许可、处罚、监督等等“硬权力”。这就使它能对行政相对人的合法权益产生直接的影响。但是，相对于其他同时归属中共中央序列的中央行政机关[7]，后者则或者针对临时性、突发性的专门问题而设，主要起一种协调相关工作的作用，具体的行政管理仍由依法成立的行政机关负责；或者行政相对人范围较窄，受影响的利益比较小，一般不涉及相对人之人身权、财产权、经营自主权等等。这就使得国新办在这些中共中央直属机构中，显得“权力特殊”；而在一般中央行政机关中，则显得“身份特殊”。尤其是与其他负有新闻管理职责的行政机关相比，这种“身份特殊性“就更加明显了：新闻出版署与广电局，都是《国务院行政机构设置和编制管理条例》规定的国务院直属机构，依法具有独立的行政管理职能，在组织法上地位显然更加明确清楚。
这种双重特殊性，某种意义上来讲，既是网络时代对于政府新闻管理能力冲击的结果，也是计划经济下“党政不分”特色的遗存。网络舆论的汹涌，使得自认负有确保舆论正确方向职责的政府遭遇到了一次挑战。为应对这一挑战，相应的行政管理组织之建设就不可能一步到位，一蹴而就，需要有一个逐渐发展调整的过程。在这个过程中，难免就会出现合法性问题。比如，一般负责行政管理与具体执法工作的机关都与执政党机构在组织上保持着明确的分离，各有各的班子。这是改革开放以来行政体制改革的主流方向，即“党政分开”的改革成果。在某种程度上，这也是对党的保护，使实际上直接负有政治领导责任的党避免了受到司法审查的可能，把法律之网的辐射性通过“党政分开”的绝缘效果隔离在了执政党的外部。分开，就使得所有党的组织都不可能成为行政诉讼的被告，即使其是实际的决策机关，也不可能面对法律的直接审查。而对于国新办来说，则恰好隐藏着这种风险。同时作为中宣部副部长的国新办主任，可能要以国新办主任的身份坐在被告席上直面行政庭的法官。[8]这在其他执政党的高级干部那里是基本不可能发生的情况。另一方面，由于其操持着执法的“硬权力”，直接对相对人设定权利义务，这也就对其在行政组织上的合法性提出了更高的要求。而在这一点上，同时作为中共中央直属机关的“身份特殊性”削弱了这一组织合法性的要求，本质上仍然是一种“党政不分”的表现。毕竟，其他执政党中央机构虽然可能也拥有一块政府机构的牌子，但如上所述，它们基本不负责具体的行政管理工作，并不直接管理范围广泛的行政相对人。
