其次，《
环境保护法》第
41条第2款的规定在实践中有明显的弊端。假设发生了环境侵权纠纷，受害人申请环境保护行政主管部门进行调解，存在两种情况，第一种情况是：如果环境保护行政主管部门不予理睬，受害人可以以环境保护行政主管部门不作为对其进行行政诉讼，并继续以民事诉讼的方式起诉侵害人。第二种情况是：如果环境保护行政主管部门接受申请进行调解，作出调解决定，受害人不同意，他可以不理睬环境保护行政主管部门的决定而向法院提起民事诉讼。我们可以发现，这样就等于以立法形式赋予了当事人最终决定权，客观上等于替法院对于环境保护行政主管部门的行为进行了效力认定，当事人可以依照自己的意志决定是否接受环境保护行政主管部门的决定。[5]同时，在第二种情况下，如果侵权人对处理决定不服，却不能以环境保护行政主管部门为被告提起行政诉讼，更不可能提起民事诉讼，即被申请人的请求权实际上被剥夺了。[6]其实，对于这一规定的弊端，吕忠梅教授在《环境诉讼初探》中有更加详尽的论述。为了不让“当事人对处理决定不服的，可以向人民法院起诉”名不副实，并且削弱当事人对环境行政主管部门处理决定的判断权，应当尽快建立独立的环境诉讼制度，《
环境保护法》作出相应修改。
（四）完善环境侵权的责任承担方式
如前所述，《
民法通则》规定的民事责任的承担方式包括：⑴停止侵害；⑵排除妨碍；⑶消除危险；⑷返还财产；⑸恢复原状；⑹修理、重作、更换；⑺赔偿损失；⑻支付违约金；⑼消除影响、恢复名誉；⑽赔礼道歉。其中可以适用到环境侵权中的有：停止侵害、排除妨碍、消除危险、恢复原状、赔偿损失、赔礼道歉。但是，《
环境保护法》明确规定的承担方式只有：排除危害、赔偿损失。从立法上看，环境侵权的责任承担方式和一般侵权的责任承担方式有很大不同，环境法学者给出的解释是，排除危害实质上包括了停止侵害、排除妨碍和消除危险。这样的解释在实践部门也得到了认可，看似合理。
