(三)有关综合执法体制创新方面的法律问题
一是相对集中行政许可权。根据《行政许可法》第25条规定：“经国务院批准，省、自治区、直辖市人民政府根据精简、统一、效能的原则，可以决定一个行政机关行使有关行政机关的行政许可权。”广东推行试点行政管理体制改革，在深圳等地实行大部门制，将多个行政部门合并成一个新部门，随之出现的问题是，新部门行使原先多个部门分别行使的行政许可权，这是否属于相对集中行使行政许可权？如果是，那就要依法获得国务院批准。
二是改变行政执法主体。有些法律、行政法规明确将特定行政管理职权授予特定行政机关，一旦实行大部门制，就造成了行政执法主体的改变。例如，国务院2002年出台的《无照经营查处取缔办法》，将扣押无照商贩用于经营的商品和工具的职权授予“工商行政管理部门”，但深圳市工商局已经和质检局、知识产权局一道合并成为市场监督管理局，“工商行政管理部门”不复存在，这就改变了法定的行政执法主体。
三是执法程序、执法文书、执法公务标志等方面的问题。我国目前尚未出台统一的行政程序法典，在相当程度上依靠部门规章和规范性文件来规范执法程序和执法文书，规定执法制服、装备和设施等公务标志。实行多合一的大部门体制后，由于在国家层面缺少专门的规章和规范性文件来作统一规定，执法程序、执法文书和公务标志不统一等问题也就随之而起。
(四)有关改革行政复议体制方面的法律问题
一是导致行政复议机关发生改变。《行政复议法》第13条第一款规定：“对地方各级人民政府的具体行政行为不服的，向上一级地方人民政府申请行政复议。”据此，经过简政强镇事权改革之后，那些被授予县级行政管理权限的街道和镇，与之对应的行政复议机关究竟应是县级政府还是地级市政府？顺德区政府被授予地级市行政管理权限，与之对应的行政复议机关应当是佛山市政府还是广东省政府？经过“省直管县”试点，与该县对应的行政复议机关是地级市政府还是省政府？此外，在下改上不改情况下推行大部门体制，势必造成一个执法部门对应于多个上级主管部门，因此容易产生行政复议管辖不清、行政复议机关不明等问题。
