2、实体性原因的撤诉。主要有以下几种：指控的部分被告人的证据不足；指控的犯罪事实不清，证据不足的；对指控案件罪与非罪的定性上，法、检两院分歧较大的；发现不存在犯罪事实的；犯罪事实发现不是被告人所为的；不应当追究被告人刑事责任的。

　　笔者认为，虽然撤诉权是公诉权的一部分是公诉权中的救济权力，但是，在实践中存在滥用撤诉权之现象。特别是对部分事实不表、证据不是十分确凿、充足的案件，有的地方检察机关为了保障批捕正确率，往往一诉了之。如果法院在开庭审理后，认为事实不清、证据不足，拟作顽固判决，那么再一撤了这。而法院为了协调好法、检两院的关系，往往也会同意撤诉，这样撤诉成为了法、检两院协商的结果。因此，撤诉容易导致公诉权和审判权的滥用，也不得对被告人合法权益的保护。

　　由于刑事诉讼法和两高的解释都没有对撤诉的操作规范进行详细的规定，而人大也不可能近期对刑事诉讼法进行修改，导致了在司法实践中撤回起诉问题的具体操作方面存在着一些不足。笔者认为，作为检察机关公诉权力行使的一部分，撤回起诉基本上是检察机关的业务工作，因此，最高人民检察院可以在充分调查研究的基础上，会同最高人民法院对撤回起诉联合作出司法解释，对撤诉的原因、法检两院对撤诉的审查内容、结果及其期限等内容进行补充和完善。为此笔者建议如下：

　　一是公诉机关撤回起诉后案件的审查

　　刑诉规则规定，撤回起诉后，没有新的事实或者新的证据不得再行起诉。但本条文只规定了不得再诉的条件，而对于撤回起诉后的案件如何处理并无规定，在实践中，各地的具体操作也不相同。笔者认为，可以根据不同案件作以下四种处理：

　　1、重新提起公诉。实践中，有些案件在起诉后公安机关抓捕了同案人，或发现了被告人的新的犯罪事实和新的证据，或取保候审、监视居住的被告人逃逸抓捕的，或检察机关补充侦查完毕的，对于这些因为程序性的因素而非案件质量本身问题的案件，公诉机关在程序完善之后，可以重新提起公诉。

　　2、可以作存疑不起诉处理。特别是对于事实不清、证据不足的案件，案件在撤回起诉后，公诉机关一般会将案件退给公安机关，要求进一步查清犯罪事实，而犯罪证据由于时间的流逝和空间的变幻变得更加难以确定，因此，这类案件很难再查找出新的证据来定罪量刑。所以公诉机关在公安机关重报案件后，可以根据我国刑事诉讼法第一百四十条第四款的规定，作出存疑不起诉的决定。