我国《
环境保护法》限期治理制度中仅规定了对超标排污和造成严重污染的污染源要限期治理，却没有规定限期治理后的跟踪监测问题。而现实中，往往会出现一些单位为了应付有权机关的检查，在限期治理期间采取一些治理措施，待有权机关检查过关后，又会出现偷停治污设施、偷排污染物的现象，不再执行治污措施。因而决定机关如果不对其跟踪检查，就很难在较短时间内发现该单位或个人的较严重的排污行为，就会使前期作出的限期治理决定前功尽弃，不能完成治污任务，也不能体现有权机关环境执法的效果，更谈不上环境质量的提高。
(六) 根据行政管辖级别确定决定机关的级别不合理
根据对单位的管辖级别作出限期治理决定不利于流域性、区域性、行业性污染源的统筹管理和安排。还有些单位属于基层机关管辖，但其排污严重，很可能重大污染事故，由基层的有权机关决定限期治理，很可能因为基层机关的专业水平、执政能力不足而延误了治理污染的时机，造成污染扩大。相反，有些单位属于省级管辖，但地处距有权决定机关较远的县，且污染较轻，这样如果让省级有权机关到该污染单位进行检测，不利于污染的治理，而且使限期治理复杂化。因此，根据行政管辖级别确定决定机关的级别不合理。
三、对《
环境保护法》中限期治理制度的完善建议
（一）建议由环境保护行政主管部门行使限期治理决定权
由环境保护行政主管部门行使限期治理决定权，不仅实现了权责统一，而且有利于限期治理制度及时有效实施。环境行政主管部门是专门监督管理环境保护工作的部门，其工作人员拥有环境保护的专业知识，能更科学的分析调查的数据，且该部门的职责决定了需要经常地对企业排污情况进行监督检查，及时发现异常情况和违法行为。同时，环境保护行政主管部门具有独立作出行政决定和承担责任的主体资格。现实中，政府作出的决定也是由环保部门在日常监督、监测污染源的基础上提出的方案，进而由政府批转的。因此，由环境保护行政主管部门行使限期治理决定权，不仅符合实际情况，具有可行性，也利于及时使问题得以解决。
（二）规定环保部门作出治理的决定的期限及协助治理的义务。
限期治理决定属于行政行为，而行政执法讲求效率。规定作出限期治理的期限，可以提高环境执法效率，并利于环境的整治。至于作出限期治理决定的期限多长，笔者认为，期限不宜太长。建议自调查完毕之日起七日内作出是否限期治理的决定，因为我国法律中对作出行政决定的期限多采用短期审查的立法模式。
