1.仅适用于点污染源，导致该制度适用范围过于传统、狭窄。
我国《
环境保护法》中的限期治理制度没有将区域性污染源、行业或产业性污染源纳入。而现实中，存在着区域性污染源、行业或产业性污染源。如很多小造纸厂、水泥厂、化工厂集中在河岸，区域性地对水体造成了严重污染。另外，有些行业本身产生的污染就比较大，那么这个行业或产业达到一定规模，也有可能产生较大的污染。在这种情况下，仍然实行单个污染源的限期治理，不考虑环境的整体性，不仅使环境执法效率降低，并且可能导致采取的治理措施片面不当，不利于及时、有效地治理污染。因此，在进行限期治理时，应当树立整体治理污染意识，考察是否出现了区域性污染源、行业或产业性污染。
2.一般仅对造成严重污染的企事业单位适用该制度。
我国《
环境保护法》规定对非特殊区域都适用“造成严重污染”的标准。这样就会使尚未造成严重污染但如果持续下去很可能会造成严重污染的企事业单位成为规避该制度的对象。这种控制机制不合理，不能控制正在较大量进行排物的那些污染源。另外，法律并没有“造成严重污染”的具体标准，基于不同的认识，易导致有权机关在作出决定时有很强的主观性，会影响公平执法和环境的治理。故应当将《
环境保护法》中限期治理制度的适用范围进行拓宽。
（四）没有规定限期治理的期限
我国《
环境保护法》限期治理制度中对“限期”没有明确统一规定，这样做产生很多弊端。易出现限期治理迟延不决的现象。即使有权机关作出了限期治理的决定，实践中往往出现被限期治理单位以资金紧张正在筹措、治理技术正在考察、生产合同需要执行等理由，而迟迟不进行治理工程，在限期内肆无忌惮地排放污染。期限到了，有的设施还没有买来，有的因陋就简企图糊弄过关，根本无法达标。排污单位或个人拖延治理有效期限的行为,使有权机关作出的限期治理决定变成了一纸空文或错过了治理时机，从而加重了对环境的污染。
（五）没有规定限期治理的跟踪监测的义务
