(5)需要配套法规作出专门规定。
如2000年修订后的《
大气污染防治法》第
48条规定：“限期治理的决定权限和违反限期治理要求的行政处罚由国务院规定。”又如1999年修订后的《
海洋环境保护法》第
12条也规定：“限期治理按照国务院规定的权限决定。”迄今，该规定的实施所需要的立法条件尚未到位。
上述关于限期治理制度在决定权属方面的相关规定，表明作出限期治理决定的权属趋于灵活性、合理性。即从完全由政府决定逐步向由环保部门决定过渡。
(二)没有明确规定有权机关作出决定的期限及协助治理的义务
1.没有明确规定有权机关作出决定的期限
我国《
环境保护法》虽规定政府有权对造成严重污染的企事业单位作出限期治理的决定，但没有规定政府及时作出限期治理的决定的期限。这样为有权机关对于应作出而不作出限期治理的决定提供了法律上的保护伞。在现实中，某些政府环保意识谈薄，地方保护主义思想严重，往往不顾区域、流域环境的承载能力，盲目追求GDP增长，追求企业的经济效益，不顾环境效益，因担心影响政绩而迟迟不作出限期治理的决定，从而使那些严重污染环境的企业难以得到及时的治理而危害社会。另外，给排放较大污染的污染者提供了肆意污染的机会，使限期治理制度处于应然状态，不利于环境保护。因此，要明确规定有权机关作出决定的期限。
2．没有明确规定有权机关协助治理的义务。
国家机关有保护人们生命健康不受威胁的义务，而现实中已经有环境侵权的事件发生，故应当规定有权机关协助治理的义务。另外，治理环境污染需要大量的资金和技术，而污染者往往因此无力完成限期治理的任务，需要有权机关的协助。
（三）限期治理制度的适用范围过窄
根据我国《
环境保护法》第
18条、第
29条规定，可以看出该制度仅适用两大类：一是有关机关划定的风景名胜区、自然保护区和其他需要特别保护的区域内已建成的超标排污的设施；二是严重污染环境的企事业单位。
