2、合同的外部控制——第三方监督
郭红欣在《环境保护协定制度的构建》一文中，论述到：“执行委员会是为维护双方当事人和地区整体的共同利益为目标，促进环境行政合同的顺利执行，建立双方的沟通渠道。”5但是在委员会的组成问题上，理论也只是在企业代表、政府代表和地方居民代表的三方6。众所周知，环境问题由于科学技术的不确定性，而导致人们不能准确予预见将来的状况，具有不可测性，因此我们要吸纳相关的专家学者参与到合同的签订、执行中来，不能仅将他们的作用局限在执行阶段，要从始至终系统地对待。
3、环境信息的公开
信息的公开，主要是作为对环境施加影响的以方的责任。如企业，要定期定点地把污染物的排放状况予以公告。一方面，便于监督主体了解掌握履行合同的状况，予以监督：另一方面，提高相对方的积极性。在一些环保案例中,正是由于信息的缺失和不完整才造成了公众不必要的误解。
我国《
环境信息公开办法(试行)》已于2007年2月8日经国家环境保护总局2007年第一次局务会议通过，自2008年5月1日起施行。办法要求企业应当按照自愿公开与强制性公开相结合的原则，及时、准确地公开企业环境信息；公民、法人和其他组织可以向环保部门申请获取政府环境信息；环保部门应当建立、健全环境信息公开制度。这一规章为环境行政合同管理主体双方搭建了良好的沟通桥梁。
4、环境保护的标准
这是环境行政合同的核心，因为这项制度的目的就在于环境管理目标的实施与实现。环境标准本身体现了合同的技术性特点。在实践中，政府希望标准越高越好，合同另一方则希望目标不要过高。双方约定的是相对方较之法律法规要求承担的更高、更切实的环境标准，这才显现出合同的优势所在。相对方的义务就是要在法律法规的前提下，积极履行自己所做出的承诺。对于此项承诺，相对方首先要自己去切实履行。双方要针对具体情况、具体的实力去考虑，不能流于形式。
5、检查权的约定
利益相关者，如公众、相关区域的代表等要被赋予，对于与环境相关的行为进行检查的权利，对方要应要求提供资料加以说明。当然监督主体也要予以配合，发挥监督作用。除有正当理由外，不得拒绝。
（四）违约的处理与赔偿
