(四) 明确清洁生产制度
清洁生产，是指不断采取改进设计、使用清洁的能源和原料、采用先进的工艺技术与设备、改善管理、综合利用等措施，从源头削减污染，提高资源利用效率，减少或者避免生产、服务和产品使用过程中污染物的产生和排放，以减轻或者消除对人类健康和环境的危害。[4]其实质是贯彻污染预防原则。从产品设计、原材料选用、生产工艺技术的采用和废弃物的回收利用等各个环节 实行全过程控制，真正从源头上防止、减少污染，促进资源的循环利用。
《
环境保护法》第
25条是对清洁生产的规定，但仅仅是作为企业所应承担的义务，没有规定义务违反后所应承担的责任，对于政府在清洁生产方面的责任也未有提及。2003年实施的《
清洁生产促进法》对我国的清洁生产制度较详细地作了规定，比较丰富和完善了清洁生产制度，但很多地方存在不足，例如，着重于对工业生产领域的清洁生产的推广和实施，对公民个人在生活领域如何消费产品的问题没有涉及；同样，对政府及有关部门推行清洁生产的责任的规定不足。因此，在可持续发展战略思想的引领下，在大力发展循环经济的背景下，《
环境保护法》有必要对清洁生产制度作出较为具体的规定，在《
清洁生产促进法》的基础上，将相关规定的原则性与全面性体现出来，如明确清洁生产制度的主体、实施、责任等。
（五）增加许可证制度的规定
许可证制度是指环境法所确认的，对从事可能造成环境不良影响活动的开发、建设或经营者，必须向有关管理机关提出申请，经审查批准，发给许可证后才能从事该项活动的一系列管理制度。[5]
实行许可证制度意义重大。它是加强对排污者监督管理的有效手段，是保护自然资源的合理利用和维护生态平衡的重要途径，也是实现我国环境管理战略思想三个转变的具体手段。我国许可证制度广泛地被运用于环境保护的各个领域：大气、水、危险废物的污染防治方面，对矿产、森林、渔业、土地等自然资源的开发利用方面，对野生动植物的保护方面等。相关的单行法、地方性法规或规章等为许可证的实行也提供了法律依据。但是，作为环境保护基本法的《
环境保护法》却没有规定。即使该法的内容偏重污染防治方面，也未对排污许可制度有所涉及。在理论和实务界探讨最热烈的也是针对排污许可证制度。因此，在《
环境保护法》的修改过程中，要将许可证制度作为基本法律制度规定下来。特别是对排污许可证制度，在污染防治一章中，更应予以明确。排污许可证制度具有明显和丰富的功能多样性、灵活机动性，适用于污染防治管理的全过程，是环境监督管理中普遍采行和优先适用的重要法律制度。我国现行的污染物排放许可证制度集中在水污染和大气污染排放上，环境噪声污染没有在单行法中作出规定，对占海洋污染绝大部分的陆源污染物排放没有设置许可证制度；并且各项污染物排放许可证制度法律依据不同，设定主体不明，层级混乱，程序也不健全。[6]如《
水污染防治法》中未规定水污染物的排放许可，而《
水污染防治法实施细则》、《水污染物排放学许可证暂行办法》、《
淮河和太湖流域排放重点水污染物许可证管理办法（试行）》相对完整作了规定。《办法》自行设定行政许可权，违反了《
行政许可法》有关行政许可设定权的规定。对此，在《
环境保护法》的修改中确立排污许可证制度，统一规范，将对散落于各单行法、地方性法规或规章、规范性文件的规定产生指导性意义，也易于对该制度进行梳理、整合与拓展。
