为了减少内耗，高效行政，应当继续实行由环境行政主管部门的正职首长任党委书记的做法，并建议由党的组织部以文件的形式固定这一“惯例”做法。如环境行政主管部门的正职首长为非党人士，则可由副职首长任党委书记。由于党委书记如何选任乃属党管事项，并非法律所能规定，因此
环境保护法的修改也不应就此作出具体规定。但法律起草或修订委员会可以向中央组织部提出建议，由中央组织部作出相应规定。
同样，基于提高行政效率的角度考虑，环境行政主管部门的副职首长人数应当严格限定，以2至3人为宜。
至于环境行政主管部门首长的免职，也不应当由所属政府决定，而应由上级环境行政主管部门决定，中央环境行政主管部门首长的免职则由国务院决定。为了强化首长职责，应当规定首长一般情况下不得免职，但出现以下情形时应当免职：辖区一年内出现两起以上重大污染事故或出现一起以上特大污染事故；任期内环境行政主管部门3次以上被提起行政复议且复议结果为变更所作出的具体行政行为；任期内环境行政主管部门2次以上被提起行政诉讼且生效判决为所作出的具体行政行为违法或者未履行法定职责；任期内应当由环境行政主管部门管辖的案件2次以上被上级环境行政主管部门直接管辖。
通过以上制度性安排，环境行政主管部门的首长升迁不再定于所属政府，其独立性将得到较大程度的增强。环境行政主管部门首长独立性的增强也将使得环境行政主管部门的独立性得到增强，这有利于环境行政主管部门排除干扰，更好地履行职责。
笔者认为，新的环境基本法或
环境保护法不应对环境行政主管部门首长的选任和免职作出过于具体的规定，但可以作出原则规定，同时以授权性条款授权国务院另行作出具体规定。
三、强化环境行政主管部门首长的职责
强化环境行政主管部门首长的职责有利于发挥首长在处理环境问题中的重要作用，也有利于环境行政主管部门地位的巩固和提升。
（一）战略环境影响评价
强化环境行政主管部门首长的职责首先就要让环境行政主管部门首长成为同级政府决策的核心成员，对同级政府的宏观管理不仅有充分知情权，还能起必要的影响力。在推行战略环境影响评价之前，环境行政主管部门首长通过参与同级政府的决策而对影响生态与环境的决策起到把关的作用；在推行战略环境影响评价之后，下级政府和人大的立法活动、同级政府的规划、许可等行为均应在评价之列，而战略环境影响评价的审批应当经过环境行政主管部门首长的审核、签字。这样，环境行政主管部门首长对可能影响环境的公共权力的运行就有了一定的影响力，这种影响有利于公共权力的运行走“绿色之路”。
