第六章为生态环境的保护。本章亦可分为两节，第一节为生态环境保护的一般规定，包括对保护生物多样性、防治荒漠化、防止气候变化等进行规定。第二节为特殊区域的法律保护，包括对自然保护区、风景名胜区、国家森林公园、人文遗迹和自然遗迹，及其他受特殊保护的区域的保护。可以将现行《
环境保护法》第三章第
17条、第
18条的内容移至此节，并作适当修改。
第七章为法律责任。应根据前面所做的修改，完善法律责任的规定。
第八章为附则。可不做修改。
（三）环境保护基本法律制度的完善
法律功能的充分发挥亦要求法律制度的内在统一和协调，法律制度如果在立法内容上出现瑕疵，则必然影响法律功能的实现。目前，我国现行《
环境保护法》中的环境保护基本法律制度有：环境监测制度、环境保护规划制度、环境影响评价制度、现场检查制度、三同时制度、排污申报登记制度、排污收费制度、限期治理制度、污染事故处理制度，这些制度确有需要完善之处，同时在修改中还有必要将实践中行之有效的法律制度确立为环境保护的基本法律制度。
1、环境影响评价制度。我国现行《
环境保护法》并没有明确环境影响评价作为基本法律制度的法律地位问题，而只是在第13条规定了环境影响报告书的制定和审批。因此，在修改中应解决其作为基本制度的法律地位问题，同时规定其基本范围和基本内容。
2、限期治理制度。我国现行《
环境保护法》第
29条关于限期治理制度的规定中，限期治理决定权由相应人民政府行使是欠妥的。实践经验表明，这种以企业的隶属关系和级别作为确定限期治理决定权依据的管理形式，非常不利于限期治理制度作用的发挥。修改中，可以根据企业规模的大小或污染程度的高低，将限期治理决定权交由各级环境保护行政主管部门行使。
3、排污收费制度。我国现行《
环境保护法》规定的排污收费是指对超过排放标准的，缴纳超标排污费。这无疑为超标排污提供了法律上的依据。然而，依照《
标准化法》和《
标准化法实施条例》的规定，环境保护的污染物排放标准属于强制性标准，强制性标准必须执行。因此超标排污行为无疑又应当视为违法行为。[22]22这种立法上的冲突应该在修改中得到解决，我国的排污收费制度应逐步实现排污收费和超标罚款，超标排污应属于违法行为。
