在“被害人有证据证明的轻微刑事案件”中被害人自诉权与国家公诉权的冲突与协调主要体现在以下几方面：第一，在自诉中自诉人撤诉后，国家追诉机关是否可以进行追诉的问题。我国并未对自诉人行使撤诉权进行限制，使得在这一问题上被害人对诉权的处分可能与国家追诉机关产生冲突。（注释５：俄罗斯刑事诉讼法中，对故意伤害罪、诽谤罪和侮辱罪等犯罪允许被害人撤诉，而对于强奸罪、侵犯发明权和专利权等犯罪，被认为是自诉——公诉案件，只能根据被害人的告诉提起，不得因被害人与刑事被告人的和解而终止。参见黄道秀译：《俄罗斯联邦刑法典》，中国法制出版社1996年版。）自诉人撤诉可能基于证据不足和自诉人放弃追诉两种原因。不论哪种原因的撤诉均产生终止诉讼程序的法律后果。程序虽然终结，但针对犯罪的国家刑罚权并未动用。因此撤诉并不影响国家追诉机关对犯罪进行追诉。第二，在撤诉问题上自诉程序与公诉程序的冲突。我国公诉案件中并未设立和解制度，而在自诉案件中却存在因和解而撤回自诉的制度空间。在上述制度框架中，就会出现这样的可能：同样性质的案件，如果进入自诉程序可以和解，但如果进入了公诉程序，即使和解符合当事人双方的意愿，也没有了法定的案件分流出口。如此“形式上不平等”的对待，促成了当事人“私了”的动机，而“私了”的暗箱操作，无疑为司法腐败提供了温床。刑事和解以被害人放弃对犯罪的追诉权为条件，无论放弃追诉、还是选择追诉，均是被害人对诉权的处分。公诉案件的刑事和解隐含着国家向被害人让渡追诉权的逻辑前提。刑事和解就是被害人处分诉权的过程。只有将刑事和解在一部分公诉案件中立法化、制度化，才能化解撤诉问题上自诉程序与公诉程序的冲突，并通过当事人的有效参与防范权力异化对正当程序的破坏。第三，对同一案件自诉权与国家追诉权优先性问题。在此问题上应遵循国家追诉优先原则，适用这一原则并不意味着被害人的诉权无法实现，因为在合理的公诉程序中被害人诉权能够得到应有的保障。国家追诉机关已经开始立案侦查，法院不应受理自诉，应告之被害人参与公诉案件的诉讼程序。法院受理被害人自诉后国家机关是否还可以进行追诉？在此种情况下，因为审判权已经启动，在程序走向上应以法院裁决为依据。国家追诉机关出于维护公共利益的考量，如果认为需要对案件进行接管，应请求法院终止自诉程序，法院应根据案件具体情况作出相应裁定。为避免自诉权与国家追诉权“自说自话”，造成司法资源的浪费，法院与检察机关之间应有必要的沟通渠道，以协调自诉与公诉程序，减少司法成本的重复投入。法院在受理自诉案件后，应及时向检察机关进行通报，检察机关根据需要可以到法院阅卷，了解案件情况，作为作出接管案件决定的前提。第四，自诉案件因证据不足而由人民法院裁定驳回起诉，国家追诉机关是否还可以追诉？根据最高人民法院的司法解释，在这种情况下被害人提出了新的有罪证据可以再次起诉。既然被害人的自诉权未用尽，可以再次起诉，就说明针对同一犯罪事实的实体刑罚权并未适用，因此在被害人之外国家追诉机关也可以再次进行追诉。
（三）公诉转自诉案件与公诉关系的协调
公诉转自诉案件是1996年刑事诉讼修改时增加的一种自诉案件的新类型。其立法初衷在于，“解决一些案件老百姓告状无门问题”[12]（P·198）。这一自诉案件类型的扩张，试图通过增加救济途径，强化对被害人的诉权保护。但由于受被害人实际追诉能力所限，这种立法设计处于虚置状态，未发挥出预期效果。立足于现有制度框架，应通过国家机关的扶助增强被害人的追诉能力，以保障其诉权的实现。例如：赋予被害人诉讼代理人调查取证权和申请法院证据保全的权利；建立适用于此类案件的证据移交制度，由公安机关、检察机关将其所掌握的证据材料复印件移交给被害人，并在自诉案件受理后，根据法院要求移送相关证据。从制度框架完善角度，应将现有的依赖被害人追诉能力的路径，转变为以法院司法保护为核心的被害人诉权保障路径，即强调法院对公安机关和检察机关裁量权的制约，而并非单纯对案件的审理，法院在此程序中应对案件依职权进行调查、对被害人进行主动保护。具体制度设计可参照德国的强制起诉制度及日本的准起诉制度。
