废止指导性案例的方式主要包括自动失效和宣告废止。指导性案例的自动失效，即指导性案例与新法相抵触，或者被新的指导性案例所取代时，自动丧失约束力，无需通过特定程序予以宣告。当然，最高司法机关案例指导委员会也可以对可自动失效的指导性案例宣告废止。最高司法机关各业务部门及地方各级司法机关均可向最高司法机关案例指导委员会提出废止指导性案例的书面建议，案例指导委员会也可自行进行审查和清理。
有学者提出，指导性案例制度的设计不需要建立“废止”（或者失效）的程序。其理由有二：第一，为了维护裁判的权威性和稳定性，裁判文书生效后，任何机关、团体和个人都不能随意变更或者撤销。只有发现原判在认定事实上或者适用法律上确有错误，才能由人民法院依照审判监督程序予以变更或者撤销。因此，已生效的裁判不发生“废止”、“失效”的问题。第二，指导性案例和司法解释不同，不具有法律的拘束力，它随着新法律、新司法解释的颁布，或者原法律、原司法解释的修改而自然失效。
我们认为，指导性案例的废止不能等同于对案件判决的撤销或变更。指导性案例的废止的目的在于“终止”不适宜的案例的指导作用，不是对案件的撤销，也不改变案件本身的裁判内容。如果对丧失指导价值的案例不予以废止，就难以对其指导效力的丧失进行明确的宣告，不利于指导执法办案工作。在法律、司法解释未作修改的情况下，这种必要性就更为明显。
除了上述操作程序等制度“主干”外，完整的案例指导制度还应当包括必要的配套机制：
一是建立完善的案例指导激励机制。案例指导制度的前提是一定数量和较高质量的案例来源。应当建立完善的激励机制，可规定，所办理的案件被最高司法机关确定为指导性案例的，给予办案司法人员表彰和奖励，以调动各级司法机关和广大司法人员的积极性和主观能动性，能够在执法办案中注意深入研究相关法律问题和有关案例，确保案件质量，积极推荐和申报指导性案例。
二是建立案例讲评机制。目前，不少地方司法机关普遍实行了案例讲评等业务分析指导制度，将指导性案例的推荐报送与案例讲评结合起来，有助于提高工作效率，集中集体智慧，促使司法人员增强执法办案的质量意识，夯实案例指导制度的实践基础，促进案例指导工作不断发展。
三是建立顺畅的沟通协调机制。司法机关的案例指导工作事关司法工作全局，也涉及与其他机关的关系。因此，最高司法机关在开展案例指导工作中，应当加强相互之间及与其他机关的沟通协调，防止各自发布的指导性案例发生冲突。为了保证指导性案例的确认发布取得良好效果，必要时应当就拟确认发布的指导性案例征求地方司法机关的意见。
