直营连锁模式中，单店与总店一般是分公司或子公司与总公司或母公司之间的关系，因此紧密度较高，而且即使是子公司，主要控股权还是在母公司手中，从而实现更高程度的整体把控。相比而言，自愿连锁和加盟连锁与其特许者的关系相对松散，尤其是自愿连锁作为一种横向联盟，彼此之间是平行关系，因此其连锁最为松散。现在连锁企业中这种模式比较少，因为连锁经营主要是注册商标、企业标志、专利、专有技术等经营资源的输出，平行的关系意味着没有主次之分，因此较为优质的经营资源也就很难存在输出的情形。至于加盟连锁其实在我们现行的行政法规及部门规章中称之为“特许经营”，其主要是通过合同约定来固定特许者与被特许者的关系，相对来说特许者从一定程度上限制被特许者的行为。

　　2、 法律关系不同

　　从上面可知，直营连锁之间的单店之间要么同样隶属一个集团，要么就是彼此之间存在隶属关系；而自愿连锁店和加盟连锁店从法律关系而言，都是独立的，仅有联盟协议或加盟合同关系。同时，由于上述法律关系的不同，也就决定了连锁单店的关系不同。比如，类似直营连锁这种模式，除非是连锁企业的法律主体消失，否则一般连锁企业共同体存在时间较长，稳定性较好，其属于更加紧密的命运共同体。但自愿连锁或加盟连锁，其本身是基于一种合同关系，按照罗马法来说，虽然合同是一种“法锁”，但这种关系随时会因为合同关系的解除或终止而结束，其稳定性相对较弱。

　　3、 财务关系不同

　　直营连锁店除了子公司性质是独立核算外，大部分的分公司性质的财务是汇总到总公司进行核算并最终纳税的；而自愿连锁店和加盟连锁店的财务是完全独立并自行核算的，其中就加盟连锁店而言，其仅需要缴纳特许经营费给连锁特许者。从上述区别结合现实操作性而言，本文主要关注点是直营连锁及加盟连锁，一方面是两者的对比鲜明，另一方面是直营连锁主要是受到《公司法》及其司法解释的规制；而加盟连锁也就是特许经营在我国的《商业特许经营管理条例》（国务院第485号令，2007年5月1日起施行，以下简称“特许条例”）和《商业特许经营管理办法》（商务部第25号令，2005年2月1日施行，以下简称“特许办法”）也有明文的规定，当然也受到《合同法》及其司法解释的约束。故而，直营连锁及加盟连锁更具现实意义。至于企业选择直营连锁还是加盟连锁，甚至是直营连锁与加盟连锁的混合性质的缘由，将在下文有所论及。