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目前我国的生态补偿政策是在政府的逐级推动下进行的，并且还存在着资金分散、部门分割、重复建设和资源浪费等现象，因此今后在我国的农业生态补偿中应打破部门和地区的界限，以项目为中心，由政府提供补偿政策，由各市场主体来具体实施，通过运用市场机制来提高农业生态补偿的效率。
4．遵循分类补偿的原则
我国现行的农业生态补偿的补偿标准往往采用“一刀切”的形式，没有根据不同的区域特点和补偿对象采用不同的补偿标准，这样不利于调动农民防治农业面源污染的积极性，所以我国在制定补偿标准时，应考虑到农业面源污染的现状、治理的难度，补偿对象的不同等。
（六）在农业面源污染防治领域实行绿色税制
由于环境与资源是一种公共产品，它不具有排他性却具有竞争性，一个人对公共产品的使用会影响到其他人对公共产品的使用，引起一定的外部效应，而这种外部性不能通过市场价格机制反映出来，同时市场经济的经济学理论有三个基本出发点，即最大限度地开发自然资源、最大限度地创造物质财富、最大限度地获取财富，这一经济理论将人与自然放在对立的位置上，势必导致对自然资源的不可持续地开发，因此环境税的征收就成为一种理想选择。尤其在农业面源污染防治领域，治理的难度要求政府有稳定的收入作为保障，而税收所具有的强制性、固定性和无偿性特征无疑会对农业面源污染的防治提供强有力的资金支持和财力保证。可见，在农业面源污染领域实行绿色税制，对于治理污染，改善生态环境，将产生积极的作用和效果。虽然目前我国还没有在立法上确立“环境税”的独立税类，但是已经确立了与环境税有关的一些税种，其中包括资源税、城镇土地使用税、耕地占用税、消费税、增值税、企业所得税等。笔者认为，农业面源污染领域的绿色税制主要表现为：
1．对符合法定要求的生产农药、化肥、农膜的企业和集约化畜禽养殖场征收农业面源污染防治专项税
1986年，美国国会通过了《超级基金修正案》，规定凡是收益超过200万美元的公司，要就超过该限额的部分缴纳环境税，其纳税税率为0.12%，超级基金是美国以环境保护为专项内容的最大的一项基金，很好地促进了美国的环境保护。在农业面源污染防治领域，鉴于防治资金的缺乏和防治的巨大难度，可以对那些效益较好、达到一定要求的企业和集约化畜禽养殖场征税，然后专款专用，为农业面源污染的防治提供资金支持。
2．对生产不合格农药、化肥、农膜的企业征收污染税以及对积极主动采取措施生产无害农药、化肥和可降解可回收利用农膜的企业提供税收优惠
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