（二）职能的衡平：规划与监督角色的强化
政府职能转变的目标，是要建立办事高效、运转协调、行为规范的行政管理体系，其核心是政府强制性行政权力在经济、社会领域的有序退出，逐步形成政府与其他社会组织之间的“自主与依存”关系。在教育行政领域，这种“自主与依存”关系的建立就需要政府明确自身的角色定位，强化规划与监督的角色，弱化代位管理的角色，这应当是解决政府“缺位”与“越位”问题的关键。[18]换句活说，一个明确的角色定位，是政府高等教育行政职能实现衡平的核心。
政府应有的角色是怎样的，与这一角色相匹配的职能又当如何？在诸多教育行政职能中，我们以科研管理这一关系到“大学发展资源”能否公平和有效的分配的职能为例加以说明。所谓的“资源”，既包括政策，也包括资金，以及其他支持。“资源”最常见的表现形式即国家级课题、国家级项目等。项目和课题的设计、发放、验收乃至经费管理，主要还是由教育行政机关的主管部门在运作。“能者多得”是当前行政部门与大学默认的规则。“能者多得”这一规则本身并没有问题，关键在于怎样定义这个“能”字。倘若“能”指的是科研能力，自然没有问题。但现实中，政府部门把握着资源，导致大学在“公关”上不得不尽力发挥所“能”，将大量的精力放在如何与政府部门建立“良好”关系上，而非课题本身。对“能”确立一个怎样的评价标准，由难依据这一标准进行评价是问题的关键所在。
教育行政部门的职能应当着重于评价标准的设立上，而标准的运用和评价的职能则应当分离出来，由相对独立于行政部门和大学的第三方来行使，如教育中介组织。英格兰高等教育拔款委员会（TheHigher Education Funding Council for England)[19]是高等教育中介组织较为成熟的案例。[20]英国设立高等教育拔款委员会的实质，就是通过政府职能的转变实现其行政管理体制优化的过程。强化政府的规划与监督职能，是英国公共行政改革的目标之一。
对我国而言，加强教育中介组织的发展，并通过法律的形式将一部分从教育行政部门分离出来的职能授予中介组织，是在政府与大学间实现教育权衡平的可行方式。由中介组织来具体运作教育行政部门制定的规则，一方面可以因中介组织的中立性和专业性提高资源配置的公正性，另一方面也可以通过职能分离，减少教育行政权力的寻租空间。从而通过建立有序的竞争环境，减少大学因为寻求制度之外的竞争手段带来的不利影响。
（三）内部的衡平：自治阻力的消除
大学的自治绝非有了外部环境即可实现，内部环境同样重要。一直以来，学者们通常把外部干涉作为大学自治难以实现的原因，而对大学内部的影响自治的阻力没有给予相应的关注。如何消除内部的阻力，激发大学自治的内在动力，也应当成为政府职能转变与高等教育制度改革过程所要关注的。
我国的大学有足够的自治能力吗？这是一个简单但必须回答的问题。由于历史等原因造成的制度路径依赖，国家的过度控制会造成大学的自治惰性。惰性一旦演变为集体思维和行为，会在很大程度上限制自治的作用，削弱自治的基础，最终导致大学不具备自治能力。相反，由于思维和行为的′惯性，若国家大幅度放松管制，有足够的理由相信大学难以很快克服惰性，大学管理也会因此而变得混乱。
为了迎接知识经济时代的挑战，国家已经意现到大学的自治对于创新人才培养的重要性，并从目标引导及政策导向上为大学的自治创造积极的外部环境。例如2006年发布的《国家中长期科学和技术发展规划纲要》就明确提出：“高等院校要适应国家科技发展战略和市场对创新人才的需求，要及时合理地设置交叉学科、新兴学科并调整专业结构，倡导学木自由……”。[21]
