上述三个方面的情况，其症结在于司法行政化，以行政属性代替司法属性，以行政程序遮盖司法程序，从而成为一种较为典型的所谓“科层式”的司法程序模式。达马什卡教授称：“这种科层式程序的独特之处在于其结构被设计为一系列前后相继的步骤，这些程序步骤渐次在镶嵌于上下级链条中的官员们面前展开。初审判决并不是一个焦点，其重要性不足以使先前和此后的决策黯然失色。案件的卷宗是整个程序的神经中枢，整合着各个层次的决策。如果在一个案件从一个步骤向下一个步骤的过程中发生了信息阻隔或丢失的情况，导致主持后一个步骤的官员无法读取前一步骤留下的书面记录，整个科层式程序就会失去方向。将程序行动等同于处在官方直接监控下的行动也是科层式司法程序的一项特征。将任何程序措施委托给外部人士去执行都是不妥当的，甚至是引起反感的。私人程序活动在科层式权力组织中的辞典中是一个自相矛盾的词组。”[12]
然而，将司法程序行政化的做法违背了诉讼的规律，从而导致了不利的司法效果：
第一，人权保障价值未能彰显，“无罪推定”难以贯彻。在“一体化”趋势加强，侦查决定论延续且有所强化的情况下，法院审判尤其是庭审对于控诉事实的审查过滤功能减弱，其必然后果是抑制刑事审判的人权保障功能，导致“无罪推定”难以贯彻。以至我国刑事审判中无罪判决率极低。[13]有的法院几年来未做出一起无罪判决（个别案件告知公诉机关撤回起诉）。尤其对重大、敏感案件，即使定罪证据不足，法院也很难作出事实不清、证据不足的判定。过低的无罪判决率，是不符合刑事诉讼规律的。因为刑事诉讼是一个动态的过程，是一个三方互动的作用，在审判阶段出现新的、辩护性证据，冲击甚至打破原有的控诉证据体系，是正常的诉讼现象。而且，中立且独立的法院，客观地审查证据，过滤证据材料，重构事实，不可避免地在某些案件上会有不同于控方的事实认定。因此，在维持一个较高的定罪率的情况下，对部分案件否定控诉意见也应当是诉讼的常态，它体现了一种符合规律的诉讼生态。但“侦查中心论”使审判的实质性作用降低甚至缺失，也必然损害刑事诉讼价值目标的实现。
第二，违背诉讼规律，损害事实认定机制。不是以庭审为中心，而是以庭后阅卷、内部讨论、请示汇报等庭下活动为重点，至少在事实认定机制上，违背了规律。因为案件事实认定，应当建立在对程序的亲历，对证据的直接审查，对控辩质证辩论意见的充分听取的基础上，庭下的活动，只能对事实认定发挥某种辅助性作用，而不应也不能决定案件事实。如果轻重倒置，势必妨碍对事实的正确认定，难以真正实现“案件事实清楚、证据确实充分”的判决要求。实践中还有一种错误认识，似乎程序越多，把关越多，事实认定就越准确，案件质量就越能保证。因此，一些案件在不同层级由检、审机构的不同主体反复看卷，似乎要从案卷中看出问题。然而，脱离庭审，在案卷上下功夫、做文章，不仅有悖事实认定规律，还可能强化侦查决定论，不能客观全面地认定事实。
第三，避开规则控制，妨碍程序公正。庭审活动，在程序上具有公开与公正的价值。一方面，它通过举证、质证、辩论以及法官的认证、评判等诉讼活动，将审判置于社会监督之下，既能防止腐败，也可促进法官心证形成的合理性与正当化。另一方面，法庭审判通过严格的程序控制，保障程序公正，并以此促进实体公正。如回避制度防止任何人“作自己案件的法官”，证据和质证规则可以防止举证和质证的无序及误导，辩论安排使裁判方能够充分听取不同的意见。而庭下审判活动，缺乏公开性，也在相当程度上避开了程序控制。如审委会讨论决定案件，成为集体法官（可以说院长是主审），但当事人不能要求回避，甚至不知道自己的案件经哪些人，被如何确定的。而案件在内部的请示汇报，更是对相关情况秘而不宣。这些做法显然有悖于审判程序的公开、公正的要求。应当说，这些年来，法院公信力不高，人民群众对判决常有疑虑，与审判活动的公开性与公正性不足有较大关系。
