庭后阅卷，形成所谓“庭后默读审判”的审判方式，造成两个方面的问题。一是冲击了庭审实质化的审判方式改革目标。陈瑞华教授称，“检察官庭后移送卷宗材料的做法，则无疑会促使法官不再重视那种简单、草率的法庭审理过程，而专注于法庭审理结束后的‘阅卷’。这不禁令人担心， 1996年改革所设定的发挥庭审作用、促使法庭通过庭审过程来形成裁判结论的立法初衷，在这种庭后移送卷宗制度的冲击下，还能在多大程度上实现？”[9]应当承认，庭后阅卷对法官形成心证的作用，因不同的案件，不同的法官而有所不同，但总的说来，它必然降低庭审对法官心证形成的作用。二是将未经法庭调查的证据移送法院，对法官心证发挥作用，违背了司法的规律。任何证据，未经法庭质证和辩论，不能作为定案的根据，这是认证的基本要求。诉讼卷宗中相当一部分证据材料未经法庭举证和质证，因此而不具备可采性。但卷宗移送和庭后阅卷制度使这些证据材料可能发挥对法官心证的影响，这就在实质上违背了认证的要求。而且由控方汇集的这些证据材料，通常是控诉性材料，具有单面性而非控辩两面性的特点，可能产生片面强化法官有罪心证的作用。
不过，笔者并不赞成过分贬低庭后移送和阅卷制度，而认为它也具有某种相对的合理性。[10]因为控方在法庭上的举证是选择性的，而案卷的内容可能更为全面，信息更为丰富；在庭上的时间是有限的，庭后的阅卷能延伸时间，辅助和检验法官的判断。而对于准备作为定案根据而在庭审时又未调查的证据，还可以根据最高人民法院《关于执行刑事诉讼法的司法解释》第152条的规定，“决定恢复法庭调查”，交付法庭质证。因此可见，庭后移送和审阅案卷，是一种利弊互见的做法。不过，如何保证庭审的实质化，防止和减弱庭后阅卷的消极影响，是我们需要进一步思考和解决的问题。
（三）在审级体制中，伴随行政性关系强化，存在对一审重视不足，信任不够的问题
在审级体制中，各级法院均为独立的审判实体，上下级法院之间只是审判上的监督关系，而非行政性的上命下从。然而，受统揽型的国家权力机构的影响，我国上下级法院之间总是存在一定程度的行政关系，而请示报告，内部决定与批复等制度体现了上下级法院的这种关系。
由于行政关系是一种上命下从的纵向关系，其预设的前提是上级机关更为重要，上级机关更为高明和正确，相应地决定权集中于上级，而下级则是上级指示的执行机构。正是由于法院上下级关系的行政化，在某种程度上，形成了过分看重上级法院的作用而忽略下级法院的情况。同时也在一定程度上形成了下级法院对上级法院的依赖。如重大疑难案件不敢自行审判，总要向上级法院请示汇报，有了上级法院的“尚方宝剑”，下级法院才放心。
也是由于以行政性的上下级关系处理审级问题，导致一种对下级法院不太信任的倾向。使得改变一审法院的事实认定，或以事实不清为由发回重审的情况在有些地方较为普遍。而在指导思想上，似有过分强调二审、再审以及复核审的救济功能的倾向。例如，最高法院在死刑案件审理中，就提出“一审是基础，二审是关键”的指导思想，而且这一指导思想有时也被一般地适用于其他案件的审理，无论是事实认定，还是法律适用，尤其强调二审对保障审判质量的关键作用。
近年来，由于法院系统总体上加强了请示汇报制度等行政性制度，[11]上级法院的功能包括在事实认定机制中的作用进一步增强，更多的案件主要不是通过庭审确定事实，而是通过请示、汇报，内部研究的活动解决问题，下级法院对上级法院的依赖性增强。
