中国刑事诉讼的两重构造既有互补作用，又有明显的矛盾。例如在控辩式形成的三角结构中，法院“居于其间、踞于其上”，因此而呈现“司法至上”与“审判中心”。而在线性结构中，审判的功能是检验侦查的结果，由于“司法一体化”的作用、诉讼配合的要求以及“制约”功能的相互性，其审查检验的实质性不足，作用十分有限。这种矛盾性，使两重结构呈现此消彼长的“逆向损益”关系。
中国刑事诉讼两重构造的冲突及其协调结果，在总体上显出线性结构较为强势。其根本原因在于，在政治一体化基础上的司法一体化，是中国刑事司法制度和程序构造的基础。而且，线性构造也比较适合传统的重视犯罪控制的刑事司法价值观与政策要求。
而在近年来，线性构造仍有强化，因此，侦查决定论的趋势未改且更为明显。这与司法政治方面的一体化增强有关，也是因为在“维稳”压倒一切的方针政策之下，公安机关具有强势地位而且侦查权十分强大。加之司法改革以“加强监督”为重心，作为控诉机关（且为职务犯罪侦查机关）的检察院对法院的监督权增强，而法院的独立和中立受到进一步的限制，其公信力与权威性被削弱。在这些因素的作用下，审判的中心地位以及在事实认定机制中的决定性作用受到进一步挑战，更加难以确立。
然而，忽略刑事司法的三面关系及诉讼构造，忽视法院对侦查的实质性审查功能，会使刑事程序因线性构造过于强大而变成单面的治罪过程，而使刑事司法程序的防错与人权保障功能受到压抑，使刑事司法的公正性受到质疑。这一点已经为实践所证明。前些年发现并披露的一些重大冤错案件，如杜培武、佘祥林案等，固然有一些偶然性的因素，但究其根本，在于审判未能有效发挥其实质性的审查与决定功能，而使有问题的侦查证据成为定案根据，使根据不足的侦查结论成为判决意见。总结经验与教训，检讨诉讼构造，在“国家确认与保障人权”的宪法要求与社会呼声之下，需要强化审判的功能，从而更为准确地认定案件事实。
（二）法院审判活动，呈现庭上功能弱化，庭下功能增强的趋向
司法活动是个体化的、独立的作业，因此，司法独立意味着法官独立。包括心证独立和裁决独立。前者意味着法官独立地对案件事实作出判断。然而，我国法律规定了法院独立而非法官独立的原则，同时，作为制度跟进，设立了审判委员会讨论决定个案处理的制度，以及院长、庭长审核裁判文书，主持讨论疑难案件等具有行政指导意义的制度。这些制度，在相当程度上限制了法官对案件事实的独立心证。而从近来的情况看，上述强化行政指导作用的制度没有削弱，反有加强。这种状况的产生，与在“政法工作”中加强“党的领导”，注重“服务大局”有关，也直接受到司法体制中强化“司法一体化”趋向的影响。因为，领导关系的强化也必然是法院内部行政指导作用的增强。而“服务大局”的方针，裁判应当体现政治、社会与法律三个效果的要求，也使中国司法权力配置体系中处于较高层级的领导者对个案处理的行政指导加强。因为在国家机关的信息传递链上，领导者能够更充分地掌握案外社会与政治信息，同时因为他们与在一个地区或一个方面把握大局的党政领导有较为直接的联系，一般说来更能理解“大局”的要求，也具有优于其他法官的评估个案处理“三个效果”的条件。由于这些原因，从总的情况看，法官的个案判断与处置权有所削弱而审委会与院、庭长影响事实认定及案件处理的能力增强。因此而使庭审功能削弱庭下功能增强。
庭审功能的削弱，也同我国审判方式改革不彻底有关。1996年刑事诉讼法的修改，为了强化庭审功能，解决“庭前实体审，庭审走过场”的问题，调整了案件移送方式，废止了庭前全卷移送并由审判法庭作实体审查，以决定是否具备“案件事实清楚，证据确实充分“的开庭条件的制度，实行公诉机关向法院移送“证人名单、证据目录、主要证据复印件或者照片”的做法，从而形成虽不排除法院在庭前的实体审查，但仍可基本实现庭前审查以程序审为主，由此保障庭审实质化的目的。但在刑事诉讼法没有明确规定的情况下，最高人民法院、最高人民检察院等六部委于2008年下发的《关于刑事诉讼法实施中若干问题的规定》第42条规定，检察机关对于在法庭上出示、宣读、播放的证据材料，应当当庭移交法院，或者在休庭3日内移交。对于在法庭上出示、宣读、播放未到庭证人的证言的，如果该证人提供过不同的证言，检察机关应当在休庭3日内，将“该证人的全部证言”移交法院。根据这一规定，闭庭后，检察机关会将全部侦查卷宗以及侦查、公诉机关补充的证据材料移送法院，形成了庭后移送卷宗以及法官庭下阅卷的实际做法。
