其次，对于野生植物物种来说，现有法律仅保护列入国家重点保护名录的珍稀濒危物种，而对未列入名录的野生植物物种的保护却没有明确规定。保护濒危物种固然重要，但是因此而忽视占大多数比例的其他普通植物物种的保护显然是不合理的。
第三，现有法律重点放在国内植物种子的市场经营管理、而对于控制种质资源的流失和遗传资源的进出境管理的内容比较薄弱，特别是对国际间和国家间遗传资源的获取没有详细规定，也没有严格健全的管理制度。
第四，对于植物遗传资源的知识产权保护制度还不完善。我国在生物技术专利保护上采取保守态势，我国的
专利法把植物品种、微生物、基因的遗传物质排除在外。我国加入植物新品种保护联盟的也是1978年文本，而不是更具反映现代生物技术特性的1991年文本。我国只对符合《
植物新品种保护条例》的某些植物新品种予以保护，相对其他发达国家来说是一个较弱的保护制度。
第五，我国现有法律与国际法规接轨程度较低，尚未能解决国际和国家间遗传资源获取的方式、程序、制度、商定条件和惠益分享的机制。
最后，植物遗传资源的收集和保存制度、植物遗传资源保护基金制度等都很不完善。
我国目前植物遗传资源的管理体制也很不规范，多部门管理，各司其政，没有统一的对外管理体制和权威的管理机构。农业部种植业司负责作物种质资源的收集、整理、鉴定、保存和登记，农业部科教司（生态环境处）负责农作物野生资源保护；中国科学院品种资源所负责鉴定、保存、科研、信息、交换等；林业部主要负责林业遗传资源的管理；而观赏植物则由农业、林业、园林、中国科学院等四家各自管理部门内的有关研究和种质资源。上述各部门分工不明确，在工作上存在着交叉、重复和遗漏现象。一些职能部门既负责开发利用资源，又负责保护管理资源，缺乏有效的制约机制。也正由于目前我国还没有专门的植物遗传资源管理机构，遗传资源输入输出也没有统一的法定程序和渠道，致使我国植物遗传资源不断无偿流失。
四、国际植物遗传资源保护的立法动态对我国的启示
由于我国植物遗传资源保护法律体系的不健全，管理体制的不完善，植物遗传资源的输出渠道混乱，任何拥有植物遗传资源的单位和个人都可以提供遗传资源，导致我国植物遗传资源大量流失。现在，发达国家正凭借自身雄厚的经济和科技实力，采取合作研究、出资购买甚至偷窃的方式，大肆掠夺和控制发展中国家的生物遗传资源；利用先进技术，开发出新的药品或作物品种，再申请专利保护，并将成果以专利技术和专利产品的形式高价向发展中国家兜售，获取高额利润。所以在这种背景下加强我国植物遗传资源保护的立法，并学习借鉴国际经验是非常有必要的。
