概括上述案件的事实概要和判决的主要内容可知，这一案件的审理涉及到两个争议焦点。
其一，先行行政行为中存在的违法性因素，是否会导致作为结果行为的后续行政行为具有违法性。具体而言，在本文讨论的案件中，在尚未完成项目环境评价时，计划行政机关就作出批准建设项目设计任务书的行政行为（先行行为），是否会导致城市规划行政机关作出后续行为——颁发建设工程规划许可证的行政行为因此具有了违法性。
其二，环境评价、规章及国家标准之间对具体环境影响认定的关系。限于篇幅的限制，在这两个争点中，本文只讨论第一个争点涉及到的法律问题。后者主要涉及到行政裁量中的专业技术裁量以及裁量基准及其表现方式等问题，则将另择机会讨论。
（二）提出的问题：违法性截断或违法性继承
通过上述“案件的基本情况”部分中有关的法律规定可以看出，到产生被诉的1969号许可证所具有的法律效果为止，整个行政过程主要由两个大的环节构成，一是计划行政机关作出批准建设项目设计任务书的行政行为，二是在其之后作出的颁发建设工程规划许可证的行政行为。《环境保护法》第13条和《城市规划法》第32条分别对这两个行政行为之间的程序关系作出了规定。该法第13条规定：“建设污染环境的项目，必须遵守国家有关建设项目环境保护管理的规定。建设项目的环境影响报告书，必须对建设项目产生的污染和对环境作出评价，规定防治措施，经项目主管部门预审并依照规定的程序报环境保护行政主管部门批准。环境影响报告书经批准后，计划部门方可批准建设项目设计任务书。”从中可以看出，该条规定了计划行政机关的批准建设项目设计任务书的行政行为的基本要求，该行政行为必须在环境影响报告书已经批准的基础之上才能作出，即审查确认环境影响报告书是否已获批准，构成了批准建设项目设计任务书行政行为具有合法性的一个要件。
第二个环节是城市规划行政机关核发建筑工程规划许可证的过程。依照《城市规划法》第32条前句的要求，“在城市规划区内新建、扩建和改建建筑物、构筑物、道路、管线和其他工程设施，必须持有关批准文件向城市规划行政主管部门提出申请，由城市规划行政主管部门根据城市规划提出的规划设计要求，核发建设工程规划许可证件。”无疑，在这段规定中，与申请人的申请行为密切相关的核心概念是“有关批准文件”。申请人向城市规划行政机关提出申请时必须提交“有关批准文件”。由于《城市规划法》本身并没有进一步对“有关批准文件”的外延作进一步的详细规定，因此，单纯从该用语的文字本身则无法推断出自身的外延范围。具体而言，该“有关批准文件”除了包括表现第一个环节结果的，经计划行政机关批准的“建设项目设计任务书”之外，批准环境影响报告书的文件是否也必须包含在城市规划行政机关应审查的对象范围之内，便成为讨论作为结果的颁发“1969号许可证”的行政行为是否合法的关键所在。
对于如何理解上述两个环节之间的关系问题，整理该案判决书中所载各种认识，无疑可以发现其中存在着两种观点。
一种是否认先行行政行为与后续行政行为之间存在违法性继承的关系。判决书中所载的被告的主张，尤其是被告在上诉过程中的主张更是清晰地反映出了其中的逻辑关系。被告的上诉理由之一是[3]：
根据城市规划法和环境保护法的规定，市规划委员会的工作职责只是审查建设单位是否取得了计划部门批准的文件，只要建设单位持有该项目经计划部门批准的文件，就只能认定计划部门据以作出该批文的前提条件包括“环境影响报告书”等问题均已解决，规划委员会不应当审查应由其他部门审查的事项。
上述文字所表达的行政行为之间的关系是，只要第一环节的行政行为客观存在且具合法的外形，作为后续行为的第二环节的行政行为必须受其效力约束，该后续行为的主体不能对第一环节的行政行为的合法性要件进行判断。简而言之，该观点认为先行行为的违法性仅仅停留在其行为本身的阶段内，不能由后续行为继承。这种观点在学理上可称为“违法性截断说”。
而与此相反的是该案判决中法院所持的观点。在“判决的主要内容”部分，法院根据《环境保护法》第13条的规定，认为规划行政机关在作出第二环节的该案规划许可行为时，“应该审查第三人是否已经取得了环境影响报告书”，而“环境影响报告书经批准后”，计划行政机关“方可”作出第一环节的批准建设项目设计任务书的行政行为。这里，判决书表达的观点是第二环节的该案规划许可行为的合法性要件中包含了在程序上审查是否存在作为其第一环节行政行为前提的环境影响报告书批准文件，换而言之，当第一环节的行政行为本身因缺乏环境影响报告书批准文件而具有了合法性瑕疵时，第二环节的行政行为如未对是否存在该报告书进行审查，就会导致该环节的行政行为也具有违法性，即第二环节的行政行为因此继承了第一环节的行政行为中的违法性。这种观点在学理上可称为“违法性继承说”。
从学术的角度看，该案的判决采用的思路与“违法性继承说”的立场相契合。由于该案的判决虽然是作为基层法院的北京市西城区人民法院所作，但因被选登载于《最高人民法院公报》之中，对全国的法律适用具有指导作用，由此还需要剖析该案判决所具有的超越个案的一般意义，即该案判决所持的思路，所具有的影响力（甚至可能产生的规范性）究竟能够在今后的司法审判中延展至多大的范围。
具体而言，由该案判决引出的问题是，Ⅰ、“违法性继承说”是否可以适用于各类行政行为的全部行政过程？①如果是，就意味着在审查并对后续行为作出判断时，法院也同时须对先行行为进行了审查并进行判断。那么，如果先行行为不属于《行政诉讼法》规定的受案范围（《行政诉讼法》第2、11条）之内的具体行政行为时，就涉及到司法权的边界问题。②反之，如果先行行为在受案范围之内，那么，该具体行政行为如何接受起诉期间方面制度（《行政诉讼法》第38、39条）的限制。
