3.科学研究与管理制度相结合的方法。现代自然科学研究为生态系统的保护奠定了坚实的技术、理论基础，也为生态系统的管理制度提供了切实的方法论指导。生态系统管理（不管是法律层面还是政策层面）不同于一般的社会管理活动，其出发点是现代自然科学的研究成果，其终极目标也是为了实现与自然生态规律的协调一致。正如著名环境法学教授Nicholas A. Robinson所说，“不管阐述一个湖泊水体富营养化过程状况的是政府间气候变化专门委员会还是当地水文学家，法律措施都必须建立在对湖泊周围环境状况进行最科学勘测的基础上。”[13](p39) 实践也证明了这一点，建国初期，国家为了发展经济，不惜一切代价开发、利用自然资源，这种“产权”式的管理方式忽视了自然资源的生态价值，最终造成了极其严重的生态破坏。而清洁生产、功能区划等建立在科学研究基础之上的现代生态系统管理制度则实现了经济、社会与环境的和谐统一。因此，只有建立在科学研究基础上的生态系统管理制度才是最为合理、有效的管理制度。
　　
　　4.行政手段、市场手段和公众参与相结合，侧重公众参与的方法。行政手段、市场手段和公众参与相结合是综合生态系统管理的重要方法。在传统的资源管理方式中，行政手段和市场手段起主导作用。但是，在经济、社会、环境管理活动中，行政手段和市场手段的弊端也逐渐暴露了出来，“政府失灵”和“市场失灵”带来了严重的后果。在这种情况下，人们开始关注如何科学、合理确定和有效实施政府与公民、行政控制与市场控制之间的界限及其有关的职责、权益和行为，[14] “第三种调整机制”——公众参与的方式便应运而生了。公众参与的方式是社会法部门兴起与社会调整机制变革的重要产物，对于克服行政手段和市场手段的缺陷有重要的补充作用。而且，在现代生态系统管理中，公众参与的方式也是现代民主与法制的重要体现，其将越来越成为重要的管理方式之一。
　　
　　三、我国生态保护的立法理念——综合生态系统管理
　　
　　作为一种全新的自然生态系统的管理理念和模式，综合生态系统管理已经被广泛地运用到各个国家和地区的自然生态系统管理中来。在我国生态环境保护中，尝试确立综合生态系统管理的理念也有着重要的理论基础、制度基础、社会基础和实践基础。具体而言：
　　
　　第一，现代自然科学和人文社会科学的深入、综合发展为我国生态环境保护确立综合生态系统管理的理念提供了重要的理论基础。综合生态系统管理的理论发展是建立在先进的自然科学知识，如生态学、环境科学，统计学等和包括法学、社会学、管理学等在内的人文社会科学综合发展的基础之上的。这些自然科学和社会科学的发展还为进一步完善综合生态系统管理理论具有决定性的影响。各个国家和地区的实践已经证明，现代自然科学和人文社会科学的发展为综合生态系统管理的合理运用提供了切实可行的理论基础。同样，在我国生态环境保护中，运用综合生态系统管理的理念及这一理念指导下的方法亦具有可行的理论前提。
　　

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