1994年，随着党的十四届三中全会提出建立现代企业制度的目标以及新《
公司法》等法律法规的出台实施，标志着我国经济体制改革进入了一个新的阶段，业主负责制也步入了业主制度的内在创新阶段。按照新《
公司法》的要求，企业资本金必须明确，投资人应以股权方式明晰与企业的产权关系。于是，实现业主法人制就成了早期“虚拟业主制”的升级版。在此背景下，1996年4月6日
国家计委出台的《关于实行建设项目法人责任制的暂行规定》第
三条规定，“实行项目法人责任制，由项目法人对项目的策划、资金筹措、建设实施、生产经营、偿还债和资产的保值增值，实行全过程负责。”
项目法人制是对“自营制”的一种突破。它表现为建管结合、贷还结合，从而把“自营制”下两相分离的工程建设与运营的完整经济周期，以市场经济的形式，经由业主整合了起来。它是全过程管理的制度，核心是投资效益责任制。实际上，项目法人制已不单纯是一种建设制度，更是一种企业制度。“业主”本身从无到有，从虚拟到规范，取得了明显的进步。毕竟，有一个统一、独立的业主来计算投资全过程的收益，比什么也没有一定是好的。
2、现行制度的缺陷及风险——“虚拟业主”的内在矛盾[25]。
任何一项制度都是在制度系统的大环境下存活的，而转型中国的具体制度则必然受中国改革开放过程中各阶段及其制度特点的影响。业主负责制作为一项最初外来的制度，它在中国实践的消化和改造过程中，被烙上了中国特色的烙印。也就是说，尽管我们对业主负责制进行了相应的现代企业制度改造，但并不意味着改革任务的完成和终结。由于中国企业制度的一些深层问题依然处在探索解答的过程中，所以一些突出的问题如业主权力寻租的腐败行为和业主能否真正负责等，就依然存在。
业主与承包商（施工单位）的关系，在中国的工程建设领域是一个至今非常耐人寻味和见不得“阳光”的黑匣子（black box）。承包商的开支是工程成本的主体部分，通过招标投标选择承包商的目的，就是要选择质量、工期、成本综合效益等最佳的施工单位。但在现行体制下，由于水利建设工程领域中大量的投资来自于中央或地方政府，公有（特别是国有）产权自身的“虚位性”导致业主自身产权的“软约束”。业主企业的负责人在面对金钱诱惑尤其是个人利益与所代表的国家利益相冲突的情况下，能否将国有财产的投资收益目标放在首位，是个值得怀疑的问题。实际上，近年来，大型公共项目中暴露出的触目惊心的腐败问题，建设工程领域中塌楼、跨桥、倒堤等恶性和重大事故的屡屡发生等现象的存在，究其原因，是因为公共投资已经成为其他利益主体和非公有制主体“寻租”的对象。由于租金由当权者或者国有产权的代理人全部获得，而损失则由公共承担，所以，寻租当事人有足够的动力达成行贿受贿的“共谋”。在水利工程建设中，也呈现为投资/贷款被“吃过水面”、建设成本节节超预算上升、工程质量缺陷特别是“豆腐渣工程”频频被曝光。其中建设工程招、投标中，有关政府部门要求选择本地承包商或提前内定承包商，进而承包商层层转包、层层扒皮，最终施工者偷工减料，不仅使招标承包制流于形式，同时也导致工程质量无法保证。[26]
业主负责制是在整个转型中国政经体制这个大环境中生长出来的，它虽然通过建管结合在具体层面上超越了“自营制”，但却无法改变带有明显计划垄断性的整个投资体制和水利设施管理体制。现行的水利投资体制，虽然为中央和地方、政府和企业合资共建提供了空间和可能，但仍旧是一种政府（特别是中央政府）主导型的体制。在投资决策中，业主——作为政府权力的延伸机构——发言权很小，更谈不到独立决策，业主决策并没有涵盖到整个投资决策的全过程。既然如此，业主对决策也就无法完全负责。不仅如此，作为企业法人，业主还必须面对市场，完成产品的“惊险一跳”。然而，我国目前的水利市场却是一个行政寡头垄断和地区分割的市场。业主可以为建设和生产负责，却无法为营销和市场负责。因为，“虚拟业主”无法真正作为公有产权的代表。事实上，引大入秦工程面临的困惑就表明了现行制度的这一缺陷——“虚拟业主”尽管可能不断地丰富和完善其行政科层建制，但却无法为水利设施的营销与市场化提供一揽子的解决方案。
基于大型水利设施的特殊性，其资产绝大部分来自国有资本，社会资本相对值和绝对值都较少。而其中，无论是国家出资还是地方出资，都是财政性投资，属于公共资金。按照《
公司法》的要求，将中央政府和地方政府的投资转化为公司资本金后，就在形式上落实了公共资金的剩余索取权与控制权，但它依然未能触及国有资产增值动力不足和保护机制差的内在缺陷[27]。根据现有的制度进路，要么是坚持不断完善“虚拟业主”的主体制度建设，要么就是通过“私有化”来实现所谓的“实体业主”。它们在相当程度上都忽略了产权交易的条件与程序的重要性。也许是由于大型水利设施的特殊属性，使得政府官员与民间投资者对“私有化”方案暂时望而却步。于是在包括引大入秦工程在内的很多大型水利工程中，“虚拟业主”往往更关心自己在政府行政科层体系中的层级与收益，而非工程及其运营效率本身。
2000年末，引大入秦工程整体移交兰州市管理；2006年11月30日，甘肃省整合省市县引大入秦工程管理机构，成立“甘肃省引大入秦工程管理局”，性质为省政府直属准公益性事业单位，正厅级建制，业务归口省水利厅管理。[28]事实表明：从制度的中短期绩效来看，调整和完善“虚拟业主”的行政科层建制，仍然是中国渐进改革进程中大型水利工程运营及其制度选择中一个阻力较少、成本较低的制度变迁方案。但这样的制度进路并没有跳出“虚拟业主制”的内在矛盾：即与计划经济体制下大家只管花钱，不讲投资效益的情形相一致，大型水利工程的最终出资人是纳税人，也即全体公民，而政府官员和国有企业经理等都作为公共资金的代理人，不仅不承担其中的经营风险，而且还可能通过交换其中的公共投资收益来获得超额的个体利益[29]。
3、现代公司治理结构能否救赎“原罪”——合法性的重建。
1994版《
公司法》出台后，国内绝大部分水利工程的“虚拟业主”都实现了“公司化”，并设立了由出资方代表组成的董事会（由于股东数目很少，所以股东会与董事会往往是合一的）。[30]
依照现代企业制度的运作机理，股东会——董事会——总经理之间形成的是“委托—代理”结构与机制，目标是通过这样的治理结构（corporate governance），确保代理人（经营者）与股东目标一致。但在公共资金和政府主导的大型水利工程建设运营中，由于国有股东（代表）难以成为真正的委托人，既不现实地具有委托人的权利（力），也无法真正实践委托人的行为，再加上国有资本从“全体国民——政府——国有企业”的过长的委托代理链条，最终导致了“初始委托人的监督积极性和最终代理人的工作努力水平随公有化程度的提高和公有经济规模的扩大而递减”的意外结局。[31]迄今为止，中国国有企业改革的核心成就表现为：剩余控制权从政府逐渐下放给国有企业（特别是内部经营者）；剩余索取权则只是通过将政府公共管理职能与国有资产的经营管理（增值）职能的分离，而从形式上授予了国有资产管理公司，它与
宪法上的最终剩余索取人（全体公民）依然是不相关的。这种通过官方授权国有资产管理公司剩余索取权的方案，不仅没有解决国有资产经营机制的“胃动力”，而且在相当的程度上，还进一步演化为代理人对委托人财产“符合正式制度规范的合法性侵夺”。[32]
