海洋矿产资源的勘探和开采应该先取得地质矿产资源部门的许可，申请人在取得矿业权的基础上再申请海域使用权。海洋行政主管部门依据其勘探许可证及其他材料，审查并批准探矿人或采矿人关于海域使用的申请，并依法办理海域使用权证书。但是在实际工作中，海域使用权的申请也可在此之前或同时进行。如果取得海域使用权后没取得矿业权，会导致申请的海域闲置，不合理、不经济。在已设立其他海域使用权的情况下，可先收回该海域使用权，再由海洋行政主管部门将该海域使用权出让给矿业权人。在设定海域使用权时若某海域的底土含有某些矿产，在以招标或拍卖的方式设定该海域的使用权的情况下，海洋行政主管部门在制定招标或拍卖方案时，必须征求矿产行政主管部门的意见，以确定该海域的使用类型。海洋资源开发活动必须同时具备两种权利，也必须同时履行两种义务。因两种矿产资源和海域的有偿制度的性质不同，计算标准也不同，海域使用金和资源税及资源补偿相互之间不可替代。进行矿产资源的勘探开发活动必须履行海域使用管理制度规定的保护海洋环境、交纳海域使用金等义务。对相关的违法活动，应当明确是违反海域使用制度还是矿业制度，分别按相应的规定处理。有时也会产生同时违反两种制度的情况，如开发活动造成的海洋环境污染。
矿业权和海域使用权的客体不同。矿业权的客体由特定的矿区或者工作区内的地下土壤和其中赋存的矿产资源组成。矿产资源勘察工作区范围和开采矿区范围，以经纬度划分的区块为基本单位。特定矿区或者工作区的地下部分，在法律上是适时变动的。横向上，随着勘探工作进行到一定阶段，矿区或者工作区的面积应随之减少，国家要收回一定面积。这是例行的面积缩减。此外，还有惩罚性的面积撤消，如矿业权人未按许可证核准的矿区或工作区、任务、性质等作业。在垂直方向，随着勘探、开采的进展，有的地段应归还给国家。[15]确切来说，海域使用权的客体是特定的海域，海域包括了水面、水体、海床和底土，也是个立体空间，由纵横两个维度。在具体的管理工作中也是由经纬度划分的区块，称之为宗海。《
海域使用管理法》第
二条规定:“本法所称海域，是指中华人民共和国内水、领海的水面、水体、海床和底土。” 海域具有多宜性和立体性，在不同的海域层次可以进行多种用海活动，如水面可以航行，水体及海床用于养殖，底土可以铺设电缆管道和开采矿产资源。在理论上看，海域使用权的客体范围由水面自上而下直到底土，为整个立体空间，包括了矿区或工作区，或是，矿区或工作区只是海域一部分。在行使探矿权的时候，更是如此。当代
物权法理论和立法实践的一个重大发展是对空间权的确认，海域使用权是最为典型的空间权。使用特定海域并不一定需要占有整个海域(包括水面、水体和底土)。虽然我国目前在实践中尚未严格区分各类海域使用权客体的具体层次，在实际管理工作中，并不一定要求所有的矿区和作业区所在的水域或上覆水域均申请海域使用权。以海洋石油开发为例，在勘探阶段，探矿权人对勘探区均应拥有海域使用权，在取得海域使用权后方能在相应的海域(包括底土)进行相关的勘探活动。但在开采阶段，采矿权的客体包括整个底土下的油气矿藏和油气矿藏贮存的底土。因为几乎所有的开采活动集中于数百平方米至数千平方米的钻井船或采油平台上。
