拿《拆迁条例》所体现的拆迁制度和征收的理论模型作比较，可以使拆迁过程中存在的问题更加明朗化。
(一)拆迁许可与征收决定
《拆迁条例》构筑的总体的关系模型是：建设单位(拆迁人)负责拆、原房主(以及原房屋的承租人等相关利害关系人，他们构成被拆迁人)必须迁、房屋拆迁管理部门负责指挥。如果用征收的理论模型来套，被拆迁人大体上可以被视为被征收人，[12]但谁为征收发起人、以及谁为征收决定作出机构，《拆迁条例》没有明确规定。
(1)征收决定作出机构的认定
房屋拆迁管理部门并不是作出征收决定的机构。
根据《拆迁条例》第7条，拆迁许可申请人必须提供的五项资料——建设项目批准文件、建设用地规划许可证、国有土地使用权批准文件、拆迁计划和拆迁方案、办理存款业务的金融机构出具的拆迁补偿安置资金证明——中的前三项，都是其他行政机关已经作出的行政决定，而正是这三项资料实质性地决定了被拆迁人的房屋的被征收：批准建设项目和建设用地许可实际上认定了拆迁申请人申请事项的公共利益的性质，国有土地使用权批准文件——包括建设用地批准书和国有土地有偿使用合同(划拨使用的为国有土地使用权划拨决定书)——则完成了房屋所附的国有土地使用权的转移。对这三份资料，房屋拆迁管理部门都只能作形式审查，并没有否决权。这三份资料对拆迁申请人而言甚至比实质性的征收决定更为有利，因为从逻辑上来说，应该首先是征收决定下达，然后才办理建设项目批准、建设项目规划许可和转移国有土地使用权的手续，在征收决定生效之前，拟征收房屋的所有权及附着的土地的使用权尚属于被征收人，其他人是不能够肆意决定他人财产的用途、更不能肆意地直接改变他人财产权(土地使用权)的归属的。
建设项目批准文件、建设用地规划许可证和国有土地使用权批准文件这三项资料，实质性地表明房屋征收的决定已经完成，欠缺的只是将这种决定通知被征收人。政府作出的上述三项决定(批准建设项目、建设用地规划许可和转让土地使用权)全都与被拆迁人的财产权密切相关，但全都是背着被拆迁人作出的，这些决定只是通过房屋拆迁管理部门的拆迁通知才间接地告知被拆迁人。违背宪法和法律对财产权的保护的立法(主要是行政立法)，其实远不止是《拆迁条例》。
到底谁是征收决定的作出机构？应该说批准建设项目的行政机关、许可建设用地规划的行政机关、批准国有土地使用权的行政机关以及房屋拆迁管理部门(毕竟，只有房屋拆迁管理部门的通知才使得前三种文件对被拆迁人发生执行力)都与征收决定的作出有关，而其中作用最具标志性的是国有土地使用权的批准文件，因为正是这一文件实质性地剥夺了原房主的房屋所附着的国有土地使用权，从而也实际上剥夺了原房主的房屋所有权。
如此多的机构掺和到决定征收这个环节，充分说明了我国立法上的混乱和公民财产权保障上的脆弱。
(2)征收申请人的认定
根据《拆迁条例》，房屋拆迁是由拆迁申请人也即建设单位发动的，这个建设单位往往是私法上的民事主体(房地产商)，但建设单位并非真正的征收发动人。在我国，是建设行政部门提出的计划决定了私人的房屋所有权必须被剥夺、私人房屋必须被拆迁，建设单位争取建设项目和申请拆迁，是在城市建设规划作出之后，建设单位的行为不过是对于城市建设规划的一种具体落实。所以，城市房屋征收中的真正的申请征收人应该是建设行政部门。清华大学的崔建远就坚持“建设主管行政部门应是房屋拆迁的发动机”，“房屋拆迁纳入征收制度中，建设行政主管部门理应成为征收房屋法律关系的中坚，是推动房屋征收(含拆迁)的火车头”，并且力主“开发商等所谓‘拆迁人’不应是征收的当事人”。[13]
更进一步地，建设单位(如房地产商)甚至未必是征收受益人。征收受益人必须是直接从征收中获得特殊利益、而不是只获得泛泛的利益的人，比如在直接为着公众利益的征收(对制造药品的专利的征收即是)中，公众并不构成法律意义的征收受益人。如果建设单位的建设行为本身就是公共利益的表现，可以认为建设单位就是征收受益人，但许多项目建设、特别是现阶段的房地产建设主要地只是一种为着房地产商的个人利益而进行的私法上的民事行为，其本身并不是公共利益的体现。另外，我国现行立法规定房地产商的土地使用权并不是直接从被拆迁人那里移转所得，而是依照土地使用权出让合同直接从政府手中获得，这也说明是政府而不是房地产商才是征收受益人。
当然，不能一概认为建设单位不能作为城市房屋征收的发起人。在私人活动直接具有公共利益的性质时，应该赋予私人(如享有公共工程特许权的企业)享有征收发起权。法国的行政法就赋予特定情况下的私人以征收申请的权力。按照王名扬的叙述：“私人享有公用征收权力(注：这里的公用征收权力只是指发动征收的权力，而不是指作出征收决定的权力)，只在他所从事的活动具有公共利益性质、以及法律有规定时为限。目前法律授予私人公用征收权力的情况越来越多。”[14]
总的来说，以征收理论模型套用《拆迁条例》的规定，我国的城市房屋征收的被征收人就是原房主及有关的利害关系人，征收申请人一般情况下就是建设行政主管部门，特殊情形下可以是最终将取得所征房屋的国土使用权的建设单位，征收决定则由批准建设项目的机构、许可建设用地规划的机构、批准国有土地使用权的机构以及房屋拆迁管理部门共同做出。
