通过司法程序清算的，则清算方案的确认权在法院。而且，清算组应当在六个月内完成清算任务，这是司法清算与自行清算的不同之处，类似于法院在适用普通程序时的审理期限。司法清算包括两大类型，当资产足以清偿债务时，则按照清算方案处置；当发现公司已经“资不抵债”的，则可与债权人协商制作有关债务清偿方案。并且该清偿方案经全体债权人确认且不损害其他利害关系人利益的，法院可依清算组的申请裁定予以认可。
司法实践中的难点是“司法清算”与“破产清算”的衔接问题。按照有关司法解释，当债权人对债务清偿方案不予确认或者法院不予认可的，清算组应当依法向申请宣告破产。问题是，当清算程序进行至对清算方案的确认阶段时，此时的清算工作已经过半，因清算方案未获通过而终止清算程序后再重新启动破产程序实际上导致了明显的“诉累”状态。事实上，进入破产清算程序后，其工作内容与司法清算并无实质性的差别，之所以用破产程序替代原有的清算程序是因为法院在破产程序中享有对破产清偿方案的强制裁决权。因此，在非破产清算程序中没有设定法院对清算方案的裁决权应当说是
公司法解释二的一个重大缺陷。
＜四＞、对公司控制人的制约机制
笔者认为，在清算阶段无论是对股东或债权人合法权益的保护，均必须依赖于对公司控制人的强有力的制约才能够得以实现。
公司法及其解释对公司控制人干扰清算程序规定了相应的责任机制。公司控制人应当与公司董事及控股股东承担同等的法律责任，且此类赔偿责任均可以通过独立的诉讼机制来解决。包括：
一是公司控制人未在法定期限内成立清算组开始清算，导致公司财产贬值、流失、毁损或者灭失的，公司及其他无过错的股东和债权人有权要求公司控制人在所造成损失的范围内对承担赔偿责任；
二是公司控制人因怠于履行义务，导致公司主要财产、帐册、重要文件等灭失，无法进行清算的，公司控制人应当对无过错的股东及债权人承担赔偿责任；
三是公司实际控制人在公司解散后，恶意处置公司财产给股东或债权人造成损失，或者未经依法清算，以虚假的清算报告骗取公司登记机关办理法人注销登记，无过错的股东及债权人有权要求公司控制人承担相应的赔偿责任；
