其次，股东对有关清算行为之效力享有提出异议之诉的权利。
由于大股东、公司实际控制人等对小股东或非控制方股东存在侵害其清算知情权、参与权、表决权及确认权的可能。同时，由于对有关清算报告、清算行为的确认决议及注销决议等实际上是股东会决议的一种表现形态，故公司的大股东及实际控制人应当遵守法律、行政法规和公司章程的规定，依法行使股东权利，不得滥用股东权利损害公司或者其他股东的利益。如果上述有关法律文件存在效力瑕疵时，有异议的股东有权援引
公司法第
二十二条关于“公司股东会或者股东大会、董事会的决议内容违反法律、行政法规的无效”的规定涉诉。这是股东对清算行为提起效力异议之诉最直接的法律根据。
一般来讲，股东对公司清算的异议之诉中的被诉主体应当根据公司是否被注销而有所不同。公司未被注销前，则被诉主体应为公司及持对立清算主张的另一部分股东，一般为公司控制人。此时，其他无对立清算主张的股东则应当列为第三人。在公司已经被注销的情形下，被诉主体则不能再由公司担当，因为公司的主体资格在程序上已经被消灭。因此，不管公司的清算行为及注销行为的效力确认之诉的最终结论如何，但至少在涉诉时公司本身不再是有效存续的商事主体。本来，如果在债权人涉诉的情形下，则被告方应当为清算组成员。但在清算组成员本身系由股东组成的情况下，则股东异议之诉的被诉主体只能是公司控制人和持对立清算主张的其他股东。
第三，禁止公司及其控制人在股东异议之诉中适用时效抗辩制度。
当股东对清算行为的法律效力提出异议之诉后，公司及其控制人一般会以异议股东所提出的确认之诉超过“诉讼时效”为由而进行抗辩。
笔者认为，公司及其控制人的此类抗辩理由之所以不能成立的主要原因是，此时的确认之诉不应当适用时效抗辩制度。尤其是在公司进入清算程序后，原有的公司治理结构已经被清算组织所取代，故不能机械地套用股东会决议撤销权制度中的60日的起诉期间。实际上，在对清算行为及注销行为效力的异议之诉中，是否涉及到对上述期间制度的适用还取决于原告方的诉讼策略。如果原告方机械地套用撤销权制度，则只能适用该六十日的起诉期间；但异议股东如果选择的是效力确认之诉，则无论是“起诉期间”制度或是“诉讼时效”制度均没有被适用的法律空间。在此情形下，以六十日的起诉期间制度进行抗辩显然不应获得司法支持。
