虽然台湾地区行政诉讼法历经修改日臻完善，但依然存在很大的弊端。台湾地区新行政诉讼法第二条规定：“公法上之争议，除法律另有规定外，得依本法提起行政诉讼。”但是囿于法院审理能力的限制，大量的公法案件依然划归普通法院审理，如交通违规处罚决定的救济由普通法院设置交通法庭受理；违反社会秩序维护法处罚事件，分别由警察机关或地方法院简易庭裁罚，对于其救济程序，由普通法院审理；国家赔偿案件，性质上属于公法上损害赔偿事件，但主要归普通法院管辖等。为了使公法案件回归公法解决，进一步完善行政救济制度，台湾地区“司法院”预计于2011年在各地方法院设置行政诉讼庭，并于2009年9月成立行政诉讼制度研修委员会，于2010年3月完成《行政诉讼法部分条文修正草案》，拟对现有的行政诉讼制度进行修正和改革。如果该草案能获通过，将对台湾地区现行的行政诉讼制度产生较大的变革。

　　依据目前修正草案的规定，行政诉讼改采三级二审体制，审理行政诉讼的地方法院系行政诉讼庭，亦为行政诉讼法所称之行政法院。未来行政诉讼简易程序事件之第一审、保全程序事件、行政诉讼强制执行事件，以及目前由普通法院受理的违反道路交通管理处罚条例裁罚救济事件，将改由地方法院行政诉讼庭审理。而国家赔偿案件，则考虑到与民事诉讼等相关制度的衔接与分工，依然没有列入。

　　在简易程序部分，改以地方法院行政诉讼庭为第一审管辖法院，以高等行政法院为第二审管辖法院。另为避免以高等行政法院为终审法院导致裁判不一致的情形，草案规定如高等行政法院认为有必要，应以裁定的方式移送最高行政法院裁决。

　　在交通裁罚事件程序部分，采二审终结，由地方法院行政诉讼庭为第一审管辖法院，高等行政法院为上诉审法院。交通裁罚案件的判决，采取书面审理方式。交通裁罚事件起诉前，不需经诉愿等前置程序。但较为特殊的是，修正草案中创设了“重新审查”制度，即被告（原处分机关）在收到起诉状以后，应对处罚决定重新审查，如审查结果认原决定违法或不当，即应自行撤销或变更原裁决；如果被告（原处分机关）维持处罚决定时，须附具答辩状，并将重新审查记录等文件，一并递交法院。