第五，按照《注册保护条例》第三条和第五条第二款关于该条例调整范围的规定，以及《花卉产业条例》第二十五条关于植物新品种保护方式选择的规定，可以看出，云南省针对植物新品种的保护，采取的是“双轨制”保护方式，而且是自由选择方式的方式，即植物新品种持有人完全可以依据自己品种具体情况以及预期目的，自由选择申请程序相对简单、能够及时得到保护，但权利效力仅限于云南省境内的地方“注册”保护；或是选择权利效力可以覆盖全国，但审批程序相对复杂、不易及时启动保护程序的国家“授权”保护；或是在申请国家“授权”保护同时，申请地方“注册”保护，并利用“注册”保护，达到对申请“授权”保护的品种进行先期保护的目的（《品种注册条例》虽然没有对上述第三种保护方式作出肯定性规定，但也没有作出排斥性规定，该种方式符合“法无禁止即自由”的原则）。“双轨制”作法，虽然在一定程度上，向前延伸了植物新品种保护期限，提高了品种权益保护效率，但由于“注册”制度与“授权”制度在程序上存在差异，也就给尚未授权的品种、DUS尚不稳定的品种、故意造假的品种，或者根本就是外地已知的品种，提供了与其他真实品种享有同等保护权利的机会。显然，这样的结果侵害了我国植物新品种保护立法中的制度公平。

　　虽然《注册保护条例》与《花卉产业条例》的适用区域仅限于云南省境内，涉及的品种范围也仅限于园艺植物品种，特别是花卉品种，但如果全国各地或哪怕只是农林种植生产、农林产品消费或者农林植物育种的主要地区，都效仿云南省园艺植物品种保护方式，在地方立法中突破国家立法中植物新品种保护的制度边界，或采取“地方保护”与“中央保护”“双轨制”保护方式，那么势必将对国家植物新品种保护法律制度的严肃性、权威性及有效性，构成严重冲击。

　　三、“注册”制度的合法性辨析

　　从前面关于注册制度负面影响的分析，显见在云南省园艺植物品种注册保护制度与国务院制定的植物新品种授权保护制度之间，存在着一些基本制度原则的不适或冲突。对于这些不适与冲突，需要从“注册”制度的“合法性”角度，进行审视与评价。

　　（一）地方性法规的立法效力及权限

　　首先，按照2000年3月15日全国人大通过的《中华人民共和国立法法》（下称《立法法》）第二条规定，无论是全国人大或人大常委会制定国家法律，还是国务院制定行政法规或其各部门制定部门规章，或是地方人大或常委会制定地方法规或人民政府制定政府规章等，以及包括上述法律、行政法规、地方法规、部门规章等的修改，都必须遵循《立法法》的有关规定。

　　其次，按照《立法法》第七条、第八条及第九条有关规定，涉及国家主权的、民事基本制度的事项，只能由全国人大或其常委会制定法律进行规定；但上述事项尚未制定国家法律的，全国人大或其常委会可以授权国务院根据实际情况，对其中部分事项先行制定行政法规。显然，按照上述规定，涉及国家主权、民事基本制度等的立法，只能由全国人大或其常委会，或者授权国务院进行，那么（1）我国作为UPOV公约成员国，如何履行公约规定的义务，如何在公约框架下设计我国植物新品种保护制度，如何对外国人在中国申请植物新品种保护的予以“国民待遇”，应当均属于国家主权范畴的内容；（2）无论是“授权”制度下品种权，还是“注册”制度下的品种注册身份，都属于对育种人或新品种持有人享有权利的规定，也即都相当于对不同保护制度下保护客体的民事权利赋予；而民事权利的赋予，按照《立法法》上述条款的规定，应当只属于国家法律或授权制定的行政法规的权限内容。