3、从上海市场的实践看，上海证券市场结算方式没有理顺相应的结算关系，存在相应的系统风险。
《
证券法》第
105条“证券登记结算机构根据成交结果，按照清算交割规则，进行证券和资金的清算交割，办理证券的登记过户手续”的规定没有明确交收关系的具体内容，不仅没有说明是谁提供的成交结果，也没有说明为谁以及与谁办理“证券和资金的清算交割”，更没有说明为谁办理“证券的登记过户手续”。在上海市场1998年实行全面指定交易、资金法人结算、2000年实行证券法人结算时，也没有理顺中央结算与第二层结算的关系。
在上海市场的实践中，投资者向证券公司下达的交易指令被交易所主机撮合成功后，会得到一个成交回报数据。在买入证券时，由证券公司实行“买空”控制，投资者需要先将资金支付给证券公司，而买入指令成交后，在T日投资者的证券帐户上即可反映增加，然而不能卖出；在卖出证券时，由上海登记结算公司直接实行卖空控制，卖出指令成交后，在T日投资者的资金帐户上即反映增加，客户可以立即使用此笔资金再进行买卖。但上海登记结算公司与证券公司之间的资金交收只在T＋1日进行，投资者得到的交割单上是以上海登记结算公司名义签发的。以上流程说明上海市场中央结算没有实行银货对付原则（DVP）。
首先中央层次的结算和证券公司与投资者的第二层结算没有划分清楚，没有清晰的时间先后顺序。一般中央结算先于第二层的结算，而在上海市场的实践中似乎与投资者的结算先于上海证券中央登记结算公司与证券公司。
其次，交收对手不一致，在中央结算层次上，证券公司只与上海证券中央登记结算公司进行资金的结算，而与投资者进行结算的似乎是交易所，因为只有在收市后交易数据才传送至上海证券中央登记结算公司，即不是上海证券中央登记结算公司，也不是证券公司与投资者进行结算，造成了这样的印象似乎上海证券中央登记结算公司（交易所）只与证券公司进行资金结算，却和投资者直接进行证券结算。
再次，证券和资金的结算时间不一致。因而，上海证券中央登记结算公司存在重大系统风险。
造成这种状况的原因除了《
证券法》上有关证券托管关系的规定不清晰以外，在法律上还存在没有将证券买卖合同的成立、生效与合同的履行清晰界定。交易指令被交易主机撮合成功，产生的成交回报只能认为是合同的成立或生效（如果存在确认程序，则确认后生效），不能根据成交回报来确定投资者的证券或资金的实际所有权情况，交易系统（包括交易所或证券公司的）不能将成交回报的数据记载在投资者的证券帐户或资金帐户内。这些问题都是需要予以特别关注的。
